Kedua; Nindya Sejati Joint Operation sejak awal diarahkan sebagai pemenang pelaksana pembangunan

Ketiga; rekayasa dalam penyusunan HPS dan penggelembungan harga (mark up)

Keempat; pekerjaan utama disubkontrakkan kepada PT Budi Perkara Alam (PT BPA) dan adanya kesalahan prosedur seperti izin amdal belum ada tapi tetap dilakukan pembangunan.

Diduga laba yang diterima PT NK dan PT TS dari proyek tahun jamak ini adalah sebesar Rp 94,58 miliar yaitu PT NK sekitar Rp 44,68 miliar, dan PT TS sekitar Rp 49,9 miliar.

KPK telah melakukan pemblokiran rekening terhadap PT Nindya Karya yang diduga menerima uang tersebut.

Sedangkan untuk PT Tuah Sejati, sudah disita aset berupa SPBN dan SPBN (untuk nelayan) senilai Rp 12 miliar.

Penyidik masih mengembangkan dan menelusuri sejumlah aset PT TS.

KPK menyangka PT Tuah Sejati dan PT Nindya Karya melanggar Pasal 2 Ayat (1) dan atau Pasal 3 Undang-Undang (UU) Nomor 31 Tahun 1999 sebagaimana diubah dengan UU Nomor 20 Tahun 2001 tentang Pemberantasan Korupsi juncto Pasal 55 Ayat 1 ke-1 KUHP.

Sebelumnya dalam kasus ini, KPK telah memproses empat orang tersangka dengan tiga orang sudah divonis yaitu, pertama Heru sulaksono divonis 15 tahun penjara dan denda Rp 5 miliar dan kewajiban membayar uang pengganti sejumlah Rp 23,127 miliar.

Kedua, Pejabat Pembuat Komitmet Sagtuan Kerja Pengembangan Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas Sabang pada BPKS, Ramadhani Ismy, divonis 6 tahun penajra ditambah dengan Rp 200 juta dan kewajiban membayar uang pengganti Rp 3,2 miliar sehingga total uang pengganti dari tiga terpidana tersebut sejumlah Rp 31 miliar.

Ketiga, Kepala Badan Pengusahaan Kawasan Sabang sekaligus Kuasa Pengguna Anggaran (KPA) dalam pengadaan proyek, Ruslan Abdul Gani, divonis 5 tahun penjara ditambah denda Rp 200 juta dan kewajiban membayar uang pengganti Rp 4,36 miliar.