Pada Juli 2011, Gus Dur pernah memerintahkan Menteri Koordinator Bidang Politik, Sosial, dan Keamanan, Agum Gumelar dan Wakapolri Komjen Chaeruddin Ismail untuk menangkap Sofyan karena dianggap membangkang terhadap Presiden.

Tak hanya Sofyan, Gus Dur juga memerintahkan untuk menangkap Kapolri saat itu, Jenderal Surojo Bimantoro karena dianggap telah melakukan tindakan insubordinasi dan tidak mematuhi perintah atasan.

Gugat Megawati karena Pensiun Dini

Megawati Soekarnoputri yang pada tahun 2001 menjabat sebagai Presiden RI mengeluarkan keputusan pensiun kepada 64 perwira polisi, salah satunya adalah Sofyan Jacob.

Sofyan dipensiunkan pada umur 54 tahun, padahal menurut Undang-Undang Nomor 2 Tahun 2002, seorang anggota Polri pensiun pada usia 58 tahun.

Sofyan pun menggugat keputusan Megawati ke Pengadilan Tata Usaha Negara (PTUN). Walaupun Sofjan memenangkan gugatan di tingkat banding, ia memilih mencabut gugatannya dengan alasan demi kebaikan bersama.

Terlibat Kasus Senjata Api

Berdasarkan catatan Kompas.com, tahun 2011 Sofyan pernah terjerat kasus mengumbar tembakan dan mengancam seseorang dengan senjata api.

Ancaman itu ditujukan kepada Ronny Sugeng, sekuriti kompleks Taman Resor Mediterania (TRM), Jakarta Utara, dan koordinator landscape TRM, Zanim dan Jimmy Young.

Sofyan membentak dan mengancam para korban dengan pistol serta pedang.

"Korban yang diancam oleh Pak SJ bukan hanya saya tapi saksi-saksi lain yang sudah diperiksa polisi dulunya juga sempat diancam dia (SJ)," kata Ronny 19 Desember 2011.

Menurut Ronny, aksi "koboi" mantan Kapolda itu dilakukan sebanyak tiga kali yakni pada Maret 2011, 3 Juni 2011, dan 3 Agustus 2011.

Menurut Ronny, Sofyan mengeluarkan kata ancaman "gua matiin lu!" dengan celurit, golok, dan pistol. Sofjan juga mengeluarkan kata-kata kasar yang bernada rasialis kepada Ronny.

Pada 8 Agustus 2011, Ronny melaporkan SJ atas tuduhan perbuatan tidak menyenangkan dan penyalahgunaan senjata api ke Polda Metro Jaya.