FPI didirikan oleh sejumlah habib, ulama, mubaligh serta aktivis muslim dan umah Islam.

Tokoh yang mempelopori berdirinya FPI adalah Habib Muhammd Rizieq Shihab yang kini berada di Arab Saudi.

Ketika berdiri, FPI juga mencanangkan gerakan nasional anti maksiat.

Perjalanan FPI pun mengalami proses naik turun.

Baca juga: Kasus Dugaan Chat Mesum Rizieq Shihab dengan Firza Husein Dibuka Lagi, Tanggapan Polisi Hingga FPI

Pada 11 April 1999, Rizieq Shihab selaku Ketua Umum FPI pernah ditembak oleh orang tidak dikenal.

Namun, Rizieq Shihab selamat.

Pada 23 Juli 2000, Habib Sholeh Alattas, seorang penasehet DPP FPI terbunuh ditembak orang tidak dikenal di depan halaman rumahnya, usai mengimami salat Subuh di masjid.

Kemudian, esoknya pada 24 Juli 2000, KH Cecep Bustomi, seorang deklarator FPI diserang sejumlah orang dan diberondong tembakan hingga kemudian meninggal.

Presiden ke-4 RI Abdurrahman Wahid atau Gus Dur pernah menyatakan FPI harus dibubarkan karena melanggar hukum mendirikan negara dalam negara dan mengganggu kesejahteraan rakyat.

Aksi FPI kembali menjadi sorotan dan menuai kecaman saat melakukan penyerangan terhadap Aliansi Kebangsaan untuk Kebebasan Beragama dan Berkeyakinan (AKBB) di silang Monas pada tanggal 1 Juni 2008.

Peristiwa itu dikenal dengan Insiden Monas.

Baca juga: Soal Polemik Markaz Syariah, FPI: PTPN VIII Menelantarkan Lahan Selama 25 Tahun

Dikutip dari Kompas.com, dalam peristiwa itu 10 orang anggota AKBB mengalami luka parah.

Hingga saat ini, aksi-aksi yang dilakukan FPI kerap menuai kontroversi.

Di sisi lain, FPI juga melakukan berbagai aksi kemanusiaan seperti pengiriman relawan saat tsunami Aceh tahun 2004.