September 2000, Jusman diangkat oleh Presiden Abdurachman Wachid menjadi Direktur Utama Dirgantara Indonesia mencapai 2002 dan pensiun dini pada tahun 2003.

Tahun 2005 menjadi Chairman Matsushita Gobel Foundation, Yayasan nirlaba didirikan Konosuke Matshushita founding father Panasonic dan Thayeb Mohamad Gobel, founding father National Gobel.

Januari 2007 diangkat oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono, menjadi Bagian Tim Nasional Evaluasi Keselamatan dan Keamanan Transportasi (TimNas EKKT) yang dipandu oleh Marsekal (P) Chappy Hakim.

Mei 2007 hingga Oktober 2009 diberi amanah oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono untuk menjadi Menteri Perhubungan Kabinet Indonesia Bersatu Pertama.

1 Januari 2011 melalui RUPS PT Telkom Indonesia Tbk, menjadi Komisaris Utama.

20 Mei 2011 oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono diangkat menjadi Bagian Komite Inovasi Nasional yang dipandu oleh Prof. Dr. Ir. Muhammad Zuhal, M.Sc.EE.

12 Desember 2014 mendapat kepercayaan sebagai Komisaris Utama Garuda Indonesia.

Maret 2016 Jusman Syafii Djamal dianugerahi gelar Profesor dari Zhejiang University of Science and Technology China.

Penganugerahan dilakukan setelah Jusman memberikan kuliah umum soal perbandingan pengalaman Indonesia dan China selama 25 tahun membangun teknologinya

September 2018 resmi diangkat menjadi Komisaris Utama PT Kereta Api Indonesia (PT KAI).

Jajaran Baru PT KAI

Kementerian Badan Usaha Milik Negara (BUMN) menunjuk Prof. Dr. KH. Said Aqil Siradj, M.A. untuk mengisi jabatan di kursi komisaris utama PT Kereta Api Indonesia (Persero) atau KAI.

Said Aqil saat ini menjabat sebagai Ketua Umum Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU). 

Perihal penunjukan Said Aqil menjadi Komisaris Utama PT KAI disampaikan oleh Riza Primadi.  Riza Primadi juga ditunjuk Menteri Erick menjadi Komisaris Independen PT KAI.