Agus Widojo dalam paparannya mengatakan rekomendasi Lemhannas ini merupakan hasil dari Focus Group Discussion (FGD) dan Round Table Discussion (RTD).

Dikatakan, solusi komprehensif bagi penyelesaian masalah Papua, pada dasarnya merupakan upaya terpadu untuk menyelenggarakan fungsi pendidikan nasional yang efektif, pemerintahan yang bersih dan efektif, serta operasi pemulihan keamanan terpadu antara pemerintahan sipil di daerah dan fungsi keamanan dan ketertiban masyarakat oleh Polri, dan operasi perbantuan TNI terbatas untuk menghancurkan kekuatan bersenjata KKB

Rekomendasi antara lain meliputi:
• Perlu penunjukan diplomat orang asli Papua (OAP) yang memahami permasalahan Papua untuk meningkatkan diplomasi di luar negeri dan berbicara tentang Papua di forum internasional.

• Perlu segera melakukan pemekaran wilayah Papua (sesuai ketentuan perundang undangan) untuk dapat mempercepat peningkatan kesejahteraan masyarakat melalui pembangunan, dan membatasi ruang gerak dari KKB.

Baca juga: Gubernur Lemhanas Bicara Generasi Masa Kini yang Cenderung Menyukai Budaya K-Pop Ketimbang Pop Barat

• Upaya intensif pembinaan generasi muda Papua (OAP) terutama mahasiswa, agar dapat memiliki jiwa nasionalisme yang tinggi dan tidak terpengaruh oleh paham separatis.

• Dirasa sangat perlu peningkatan kualitas SDM Kepala Daerah dengan memperbaiki sistem Pemilukada.

• Perlu mempercepat peningkatan kesejahteraan masyarakat Papua dan Papua Barat melalui pembangunan, dengan lebih memberdayakan Kementerian dan Lembaga Pemerintah terkait dan Pemerintah Daerah

• Terkait pelestarian budaya Papua, agar lebih diarahkan untuk pemberdayaan OAP sesuai potensi daerah setempat (pertanian/perkebunan, peternakan, pertambangan rakyat dan lain lain). Oleh karenanya perlu segera dilaksanakan kegiatan pendampingan, pembinaan dan pengawasan kepada Pemda dalam pengelolaan dana Otsus, dan APBD, serta Kepala Kampung dalam pengelolaan.

• Perlu dilakukan pendataan penduduk dengan baik (secara manual untuk daerah pegunungan) oleh BPS, agar dapat mengetahui dengan pasti jumlah dan tingkat kesejahteraan OAP yang ada di Papua dan Papua Barat, untuk dapat lebih memfokuskan sasaran pembangunan.

• Perlu upaya yang intensif untuk mencari sumber dana yang mengalir ke KKB, dan mengambil langkah hukum untuk memutus aliran dana tersebut.

Baca juga: Gubernur Lemhanas: Kalau Isu Komunisme Jadi Ritual Tahunan, Saya Curiga Ini Bermuatan Politis

• Perlu menyelesaikan tuduhan terjadinya kasus pelanggaran HAM sejak dimulainya upaya untuk mengatasi perlawanan OPM tahun 1965 sampai sekarang, melalui proses hukum dan juga penyelesaian sesuai dengan adat/budaya Papua.

• Perlu membuat pemetaan (data) tentang tingkatan budaya masyarakat dari masing masing daerah, agar dapat memahami kebutuhan masyarakat setempat, sebagai bahan pertimbangan dalam perencanaan dan pelaksanaaan pembangunan serta keamanan.

• Banyaknya tanah adat (ulayat) yang dijual, sehingga menyebabkan banyak OAP yang kesulitan dalam mendukung mata pencahariannya untuk kehidupan sehari hari, maka perlu ada larangan untuk menjual tanah adat (ulayat), namun dapat disewakan dalam waktu yang lama.

• Masih adanya perbedaan persepsi tentang sejarah Papua, untuk itu perlu menyusun kembali sejarah Papua yang lengkap (sejak sebelum kemerdekaan) oleh ahli sejarah nasional dan Papua, agar mampu menyentuh hati masyarakat Papua untuk bangga sebagai bangsa Indonesia.

Baca juga: Gubernur Lemhanas: Jangan Dengarkan Generasi Tua yang Masih Bicara Peran Mereka di Tahun 1965