Karirnya kian moncer, pada 2006 Paulus Waterpauw dipercaya menjadi Dir Reskrim Polda Papua.

Kemudian pada 2009, ia kembali ke Jakarta menjadi penyidik utama TK II Dit III/Kor dan WWC Bareskrim Polri.

Setahun kemudian, ia kembali menjalani pendidikan dan selesai pada 2010.

Baca juga: Kapolda Papua Irjen Paulus Waterpauw Ditunjuk Menjadi Kabaintelkam Polri

Setelahnya, pria yang memiliki tiga anak tersebut dipercaya menjadi Wakapolda Papua pada 2011.

Lalu berturut-turut menjadi Kapolda Papua Barat pada 2014, Kapolda Papua pada 2015, dan akhirnya kembali bertugas di Jakarta menjadi Wakabaintelkam Polri pada 2017.

Tidak lama menjadi Wakabaintelkam, masih pada tahun yang sama ia dipercaya menjadi Kapolda Sumatra Utara.

Kemudian ia kembali ke Jakarta menjadi Tenaga Ahli Bidang Hukum dan HAM Lemhannas RI pada 2018.

Ia kemudian menjadi Analis Kebijakan Utama bidang Sespimti Sespim Lemdiklat Polri pada 2018 sampai akhirnya kembali ditugaskan menjadi Kapolda Papua pada 2019 hingga saat ini.

Hingga akhirnya pria yang mengenyam pendidikan kejuruan di bidang intel tersebut dipercaya Kapolri Jenderal Listyo Sigit Prabowo menjadi Kabaintelkam Polri.