TRIBUNNEWS.COM - Menteri Kesehatan, Budi Gunadi Sadikin, mengungkapkan metode Whole Genome Sequencing (WGS) akan ditingkatkan di Indonesia guna mengantisipasi penyebaran Omicron.

Alasannya, agar pemeriksaan yang dilakukan bisa lebih cepat.

"Kami tingkatkan persentase WGS dari seluruh kasus konfirmasi yang terjadi, rencananya WGS akan kami naikkan 10 persen, sehingga pemeriksaannya akan lebih cepat," ujar Budi dalam konferensi pers secara virtual pada Kamis (16/12/2021).

Sementara itu, Juru Bicara Vaksinasi Covid-19 yang juga Direktur Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Menular Langsung Kementerian Kesehatan (Kemenkes), dr Siti Nadia Tarmizi, mengatakan metode WGS berbeda dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR).

"WGS itu pemeriksaan khusus di mana protein-protein genetik (DNA) dari virus diperiksa untuk bisa melihat varian," ujar Nadia saat dihubungi Kompas.com, Minggu (19/12/2021).

Mengutip dari laman illumina.com, WGS dapat mendeteksi varian nukleotida tunggal, penyisipan/penghapusan, perubahan nomor salinan, dan varian struktural dalam jumlah besar.

Karena inovasi teknologi terkini, pengurutan genom terbaru dapat melakukan pengurutan seluruh genom yang dilakukan lebih efisien dari sebelumnya.

Lalu, bagaimana cara kerja WGS untuk mengantisipasi penyebaran Omicron?

Baca juga: Belanda Lockdown selama Natal dan Tahun Baru Gara-gara Covid-19 Varian Omicron

Baca juga: IDI Ancang-ancang Antisipasi Lonjakan Kasus Omicron

Dikutip dari cdc.gov, berikut pengertian, dan cara kerja metode WGS untuk mengantisipasi penyebaran Omicron:

Whole Genome Sequencing (WGS)

WGS merupakan genom, atau materi genetik, suatu organisme (bakteri, virus, dan manusia) yang terdiri dari DNA.

Setiap organisme memiliki urutan DNA unik yang terdiri dari basa (A, T, C, dan G).

Jika Anda mengetahui urutan basa dalam suatu organisme, Anda telah mengidentifikasi sidik jari atau pola DNA uniknya.

WGS dapat menentukan urutan basa yang biasa disebut sekuensing.

Sekuensing seluruh genom merupakan prosedur laboratorium yang menentukan urutan basa dalam genom suatu organisme dalam satu proses.

Cara Kerja WGS

Para ilmuwan melakukan pengurutan seluruh genom dengan mengikuti empat langkah utama ini, yakni:

1. Pemotongan DNA

Para ilmuwan menggunakan gunting molekuler untuk memotong DNA, yang terdiri dari jutaan basa: A, C, T, dan G, menjadi potongan-potongan yang cukup kecil, yang selanjutnya dapat terbaca oleh mesin pengurutan.

2. Pengodean batang DNA

Para ilmuwan menambahkan potongan kecil tag DNA, atau kode batang, guna mengidentifikasi potongan DNA mana yang dimiliki bakteri mana.

Hal tersebut mirip dengan bagaimana kode batang mengidentifikasi produk di sebuah toko kelontong.

3. Sekuensing seluruh genom

DNA berkode batang dari banyak bakteri digabungkan dan dimasukkan ke dalam sekuenser genom secara keseluruhan.

Sequencer mengidentifikasi basa A, C, T, dan G, yang membentuk setiap urutan bakteri.

Sequencer menggunakan kode batang untuk melacak basis mana yang dimiliki bakteri mana.

4. Analisis data

Para ilmuwan menggunakan alat analisis komputer untuk membandingkan urutan bakteri dan mengidentifikasi perbedaan.

Jumlah perbedaan tersebut dapat memberi tahu para ilmuwan seberapa dekat hubungan bakteri itu, dan seberapa besar kemungkinan menjadi bagian dari wabah yang sama.

Cara WGS Mengidentifikasi Penyakit

WGS memberikan data yang lebih rinci dan tepat untuk mengidentifikasi wabah daripada teknik standar saat ini yang digunakan PulseNet, elektroforesis gel bidang-berpulsa (PFGE).

Alih-alih hanya memiliki kemampuan untuk membandingkan genom bakteri menggunakan 15-30 pita yang muncul dalam pola PFGE, WGS memiliki jutaan basis untuk dibandingkan.

Dengan menggunakan pengurutan seluruh genom, WGS dapat menemukan beberapa bakteri yang tampak berbeda memakai PFGE sebenarnya berasal dari sumber yang sama.

Hal tersebut telah membantu menyelesaikan beberapa wabah penyakit lebih cepat.

WGS merupakan cara yang cepat dan terjangkau untuk mendapatkan informasi tingkat tinggi tentang bakteri hanya dengan satu tes.

Saat ini, proses untuk mengarakterisasi bakteri sepenuhnya membutuhkan dua atau lebih ilmuwan untuk melakukan empat atau lebih tes terpisah termasuk PFGE.

WGS akan sangat meningkatkan efisiensi cara PulseNet melakukan pengawasan.

PulseNet secara aktif memvalidasi teknologi next-generation sequencing (NGS) serta mengembangkan, mengevaluasi, dan mengimplementasikan alat yang diperlukan untuk menganalisis data.

Keuntungan Metode WGS

Pada laman illumina.com, dijelaskan keuntungan menggunakan metode WGS, yakni:

- Memberikan tampilan genom dengan resolusi tinggi;

- Menangkap varian besar dan kecil yang mungkin terlewatkan dengan pendekatan yang dilakukan;

- Mengidentifikasi varian penyebab potensial untuk studi tindak lanjut lebih lanjut dari ekspresi gen dan mekanisme regulasi;

- Memberikan volume data yang besar dalam waktu singkat untuk mendukung perakitan genom baru.

Baca juga: 2 Orang Positif Omicron usai Pulang dari Amerika dan Inggris, Satgas Covid-19 Fokus Lakukan Tracing

(Tribunnews.com/Arkan) (Kompas.com/Retia Kartika Devi)

Berita lainnya seputar penanganan Covid