Akibatnya, sejumlah pelaku berhasil diseret ke pengadilan.

Sejumlah pimpinan teras TNI diberhentikan, meski sejumlah korban sampai kini belum berhasil diketahui keberadaannya.

Dari sini Munir terus bergerak, menjelajah area-area kelam dalam politik kekerasan di Indonesia.

Baca juga: Hacker Bjorka Klaim Mengetahui Otak di Balik Pembunuhan Munir, Ungkap Data Identitas

Pencopotan 3 Perwira Militer

Munir bersama KontraS, melalui strategi yang tidak lazim bagi sebuah advokasi LSM HAM saat itu, berhasil menemukan titik terang dari kasus penculikan para aktivitis.

Bahkan beberapa dari yang hilang bisa kembali.

Untuk pertama kalinya sebuah institusi militer mendapat tantangan serius.

Namun, banyak pihak yang mengaitkan keberhasilan ini merupakan campur tangan dari internal militer, dibarengi dengan advokasi Munir melalui KontraS.

Tindakan Munir ini berujung dengan dicopotnya tiga perwira penting militer Kopassus saat itu, yakni Letjen Prabowo Subianto, Mayjen Muchdi PR, dan Kolonel Chairawan dengan alasan terkait dengan kasus penculikan aktivis mahasiswa tersebut.

Pencopotan ketiga perwira ini merupakan sesuatu yang sangat mengejutkan dalam konteks sejarah politik militer Indonesia.

Peran Muchdi Purwoprandjono 

Selama persidangan yang berlangsung pada Agustus 2008, peran mantan Deputi V Badan Intelijen Negara (BIN) Muchdi Purwoprandjono dalam pembunuhan aktivis HAM Munir semakin jelas.

Muchdi disangka menyuruh melakukan pembunuhan terhadap Munir.

Pasal yang dikenakan terhadap Muchdi yakni pasal 340 juncto 55 ayat 1 kesatu UU KUHP dengan ancaman maksimal hukuman seumur hidup.