- Komandan KRI Nanggala-402 (2004);

- Pasops Satsel Koarmatim (2006);

- Pabandya Renstra Ban I Renstra Srena Kasal (2006);

- Asops Lantamal VI Makassar (2009);

- Komandan Satsel Koarmatim (2010);

- Komandan Lanal Dumai (2011);

- Ajudan Wapres RI (2012);

- Kepala Staf Guskamlabar (2014);

- Pati Sahli Kasal Bid. Ekojemen (2015);

- Staf Khusus KSAL (2015);

- Komandan Guskamlabar (2015);

- Waasrena KSAL (2017);

- Gubernur AAL (2018);

- Koorsahli KSAL (2019);

- Pangkoarmada I (2019);

- Asrena KSAL (2020);

- Pangkogabwilhan I (2021)';

- KSAL (2022).

Muhammad Ali juga mendapat sejumlah tanda jasa, antara lain:

- Bintang Yudha Dharma Nararya;

- Bintang Jalasena Nararya;

- Satyalencana Kesetiaan XVI dan XXIV;

- Satyalencana Kesetiaan Dwidya Sistha dan Dwidya Sistha 1;

- Satyalencana Kebaktian Sosial;

- Satyalencana Wira Dharma;

- Satyalencana Dharma Nusa.