Muhammad Ali kembali bertugas di kapal selam pada 2004.

Kala itu, ia langsung menjabat sebagai Komandan KRI Nanggala-402 hingga 2005.

Sejumlah jabatan prestis pernah diembannya sejak menjadi Komandan KRI Nanggala-402 berpangkat Letnan Kolonel (Letkol), hingga yang terbaru sebagai Panglima Komando Gabungan Wilayah Pertahanan I (Pangkogabwilhan I) dengan pangkat Laksamana Madya (Laksdya).

Pada 2012 silam, Muhammad Ali sempat menjadi Ajudan Wapres RI, Boediono.

Ia juga pernah menjadi Gubernur AAL pada 2018.

Berikut ini riwayat jabatan Muhammad Ali:

- Perwira Depos KRI Sigalu-857 (1990);

- Ass Padiv Ekasen KRI Nanggala-402 (1992);

- Perwira Torpedo KRI Pasopati-120 (1993);

- Padivkom KRI Nanggala-402 (1995);

- Kadep Leksen KRI Nanggala-402 (1996);

- Kasi Taktik Sops Satsel Koarmatim (1996);

- Kadalsen Divlat Dep Sewaco Puslatlekdalsen Kodikal (2000);

- Palaksa KRI Nanggala-402 (2003);