Ia pun mengungkap kejanggalan hubungan antara Polri, Kejaksaan Agung saat menjabat sebagai Menko Polhukam.

Untuk itu, ia mencontohkan kasus pemulangan buronan kasus korupsi Djoko Tjandra dari Malaysia.

Saat itu, ia mengaku harus menelpon Kapolri dan Jaksa Agung berjam-jam agar Djoko Tjandra bisa diserahkan ke Kejaksaan Agung mengingat status penahanannya yang akan habis dalam 1 x 24 jam.

"Tahu nggak? Itu pulang jam 11 malam. Sampai jam 7 malam besok harinya belum diserahkan. Saya yang menyelesaikan lewat telepon terpaksa. Bicara pada Idham Azis (Kapolri pada saat itu), Kejaksaan Agung juga kontak saya bagaimana Pak ini, belum diserahkan? Sehingga akhirnya diserahkannya sudah hampir habis deadlinenya. Saya tidak tahu kenapa tidak diserahkan," kata dia.

"Saya mengendalikannya itu saya sedang ada di Malang. Jadi saya mulai jam 5 sore sampai jam 7 malam itu telponan dengan Pak Idham Azis, Pak Jaksa Agung, Bareskrim, dan sebagainya agar itu diserahkan. Karena kalau tidak jam 11 diserahkan, harus dilepaskan lagi Joko Candra waktu itu. Bukan cerita baru," sambung dia.

Selain itu, kejanggalan hubungan tersebut pun muncul dalam kasus pelapor kasus korupsi seorang kepala desa, Nurhayati, yang kemudian malah menjadi tersangka.

Saat itu, kata Mahfud, jaksa penuntut umum menyarankan dan meminta bukan hanya kepala desa yang tersangka melainkan juga Nurhayati karena dianggap membiarkan kepala desanya korupsi selama kurang lebih dua tahun.

Polisi, kata dia, kemudian menjadikan Nurhayati tersangka.

Baca juga: Terungkap, Bos Timah Aon Cuci Uang Hasil Korupsi Lewat Suami Sandra Dewi dan Crazy Rich PIK

Hal tersebut, kata dia, kemudian membuat gaduh publik.

"Apa yang terjadi? Saya teriak waktu itu, lho itu nggak benar dong secara subtansi, mens rheanya (niat jahatnya) apa? Kejaksaan tolong dilepas. Mereka bilang, karena kami sudah dapat dari polisi dan sudah memenuhi syarat. Saya bilang ke polisi, Pak Polisi tolong dong dilepas. Nggak bisa, kan yang minta jaksa. Sampai ribut seluruh Indonesia, mau datang ke kantor saya," kata dia.

"Akhirnya saya telponan dari jam 10 sampai jam 4 sore. Baru malamnya lepas. Sepertinya ini kurang koordinasi. Itu masalah kecil, masalah Nurhayati, bukan masalah korupsi yang besar. Hanya beberapa lah korupsi setiap bulan. Sebagai sebuah contoh kecil. Maksud saya memang ada masalah," sambung dia.

Ia pun mengungkit kasus Cicak vs Buaya di mana saat ia menjabat sebagai Ketua Mahkamah Konstitusi muncuk desas-desus adanya upaya rekayasa untuk melumpuhkan KPK dengan menersangkakan pimpinannya.

"Cara apa yang ditempuh pada waktu itu? Yaitu dua orang KPK dijadikan tersangka, Bibit Samad dan Candra Hamzah. Kalau dua orang ini dijadikan tersangka, sementara Antasari ketuanya sudah tersangka berarti KPK lumpuh menurut hukum," kata dia. 

"Karena apa? Keputusan komisioner untuk menentukan seorang itu tersangka dan seterusnya itunharus ditandatangani srcara sah oleh minimal tiga orang. Ini tinggal dua karena Antasari sudah jadi tersangka sementara Bibit Samad dan Candra Hamzah tersangka," sambung dia.