Sebelumnya, Menko Polhukam saat itu, Mahfud MD, saat membacakan hasil investigasi Tim Gabungan Pencari Fakta (TGPF) yang dibentuk pemerintah pada 21 Oktober 2020 mengatakan peristiwa tewasnya pendeta Yeremia Zanambani diduga melibatkan oknum aparat. 
  
Namun proses hukum atas kasus pembunuhan itu berjalan lamban dan tertutup setelah kasusnya dilimpahkan ke pengadilan militer, bukan pengadilan umum. 

TNI berdalih karena kasusnya melibatkan anggota mereka, maka harus diproses lewat peradilan militer, dengan berkukuh menggunakan UU Peradilan Militer yang dibuat pada masa Orde Baru.  

Padahal pasal 65 ayat 2 Undang-Undang Nomor 34 Tahun 2004 tentang Tentara Nasional Indonesia menempatkan tentara dalam ranah wewenang peradilan sipil untuk pelanggaran berdasarkan Kitab Undang-Undang Hukum Pidana (KUHP). 

Kasus pembunuhan Pendeta Yeremia seharusnya diadili melalui peradilan umum.  

Sidang kasus pembunuhan atas Pendeta Yeremia sendiri baru dimulai pada 4 Juli 2022 di Pengadilan Militer III-19 Jayapura dengan mendakwa tiga prajurit TNI Angkatan Darat, yaitu Kapten Saiful Anwar, Serka Alex Ading, dan Pratu Moh Andi Hasan Basri. 

Pada sidang putusan tanggal 30 Juni 2023, ketiga terdakwa terbukti secara sah dan meyakinkan bersalah melakukan tindak pidana pembunuhan yang dilakukan secara bersama-sama. 

Namun mereka hanya dihukum satu tahun penjara dan membayar biaya perkara Rp 20.000 bagi Saiful Anwar, Rp 15.000 bagi Alex Ading, dan Rp10.000 bagi Andi Hasan Basri.  

Putusan Majelis Hakim ini berbeda jauh dengan tuntutan dari oditur militer agar ketiga terdakwa dipidana penjara selama 15 tahun dan dipecat dari dinas TNI AD, sehingga oditur militer mengajukan banding. 

Namun hal itu tidak berbuah hasil setelah Majelis Hakim Banding pada sidang 25 Mei 2023 menguatkan Putusan Pengadilan Militer III-19 Jayapura Nomor 186-K/PM.III-19/ AD/VI/2022 tanggal 30 Januari 2023, untuk seluruhnya. 

"Proses hukum atas kasus pembunuhan Pendeta Yeremia itu menunjukkan bahwa impunitas masih dilanggengkan. Para prajurit TNI diadli tidak melalui proses pidana di pengadilan sipil sebagaimana diatur dalam undang-undang," kata Usman.  

"Petinggi TNI yang seharusnya turut bertanggung jawab atas kasus pembunuhan ini belum tersentuh oleh hukum sama sekali. Ini menunjukkan adanya ketidakadilan dan ketidakseriusan Negara dalam menangani kasus ini," tegasnya.