Ali masuk Mindanao, ia bertemu sahabat lamanya, Umar Patek dan Dul Matin yang sama sama kabur menghindari kejaran polisi pasca bom Bali. 

Pada 2005, Ali bersama 6 anggota pemberontak Abbu Sayap dan MILF tertangkap tentara Philiphina. Ali diganjar tiga tahun penjara tanpa proses peradilan.

Selama di penjara itu, Ali mendapat siksaan luar biasa. Badannya remuk redam sampai muntah darah.

Awal 2008 Ali dijemput Ketua Satgas Bom Polri, Irjen Pol Surya Dharma Salim. Selama proses ekstradisi Ali sudah menyiapkan mental akan mendapat siksaan lebih kejam dari polisi seperti dialami di Philipina.

Di luar dugaannya, Ali sebaliknya mendapat perlakuan sangat baik dari Surya Dharma, Tito Karnavian (sekarang Kapolri, Red), dan polisi lainnya. Ali dirawat di RS berkelas di Jakarta.

"Saya sudah mempersiapkan diri untuk menerima siksaan yang saya bayangkan lebih berat. Tapi Alhamdulillah saya diperlakukan sangat baik," ungkapnya.

Apa yang dialaminya saat tiba di Indonesia dan selama dirawat di rumah sakit itulah yang membuka mata hatinya bahwa tidak semua polisi jahat. 

Perlakuan polisi itu mengubah pandangan hidupnya sampai sekarang. Dari semula memusuhi polisi dan TNI, kini menjadi sahabat dalam menyadarkan pandangan mantan para teroris, mantan kombatan, mantan napi teroris.

Ali makin yakin dalam perjalanan hidupnya banyak menjumpai polisi yang  baik.

Tidak ada polisi beternak teroris, tidak ada TNI yang ternak teroris. Karena teroris itu tumbuh besar dan dibesarkan oleh kelompok-kelompok yang ingin sengaja menghancurkan indonesia. 

Ali Fauzi semakin sadar dan bertekad untuk membantu sesama mantan teroris untuk memulai hidup baru.

"Kita merajut hidup dari lingkaran bom menuju ke lingkar perdamaian. Melalui Yayasan Lingkar Perdamaian, kita akan hidup damai di Indonesia  bersama mantan napiter,’’ ungkap Ali Fauzi.