Kemudian Perguruan Tinggi Negeri, Direktorat Jenderal PKTL, Direktorat Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem, Sekretariat Jenderal Kementerian LHK, Dinas Provinsi yang membidangi Kehutanan dan Lingkungan Hidup, Balai/institusi pengelola Kawasan hutan konservasi yang diusulkan dan instansi lain yang terkait. 

Wakil dari lembaga/instansi Pemerintah yang ditunjuk dalam Tim Terpadu harus memenuhi syarat pengalaman dan memiliki latar belakang bidang ilmu dan kompetensi yang diperlukan dalam pelaksanaan penelitian terpadu meliputi bidang: biofisik, sosial, ekonomi, budaya, hukum dan kelembagaan. Tim Terpadu bekerja dengan metode ilmiah sehingga menghasilkan naskah hasil penelitian yang dapat dipertanggungjawabkan. 

KLHK mengungkapkan, hasil penelitian Tim Terpadu adalah usulan perubahan fungsi dari Kawasan Cagar Alam Mutis Timau yang terletak di Kabupaten Timor Tengah Selatan dan Kabupaten Timor Tengah Utara, Provinsi Nusa Tenggara Timur seluas ±12.315,61 (Dua Belas Ribu Tiga Ratus Lima Belas dan Enam Puluh Satu Perseratus) hektar dan usulan perubahan fungsi dari Kawasan Hutan lindung Mutis Timau yang terletak di Kabupaten Kupang, Kabupaten Timor Tengah Selatan dan Kabupaten Timor Tengah Utara, Provinsi Nusa Tenggara Timur direkomendasikan sebagian seluas ±66.473,83 (Enam Puluh Enam Ribu Empat Ratus Tujuh Puluh Tiga Koma Delapan Puluh Tiga) hektar direkomendasikan untuk diubah fungsi menjadi Taman Nasional. 

Tidak seluruh luasan Kawasan Hutan Lindung yang diusulkan menjadi Taman Nasional (102.125 ha) disetujui oleh Tim Terpadu. 

Hal ini dilakukan mengingat pada lokasi tersebut ditemukan terdapat program perhutanan sosial, persetujuan penggunaan kawasan hutan dan indikasi penyelesaian penguasaan tanah dalam rangka penataan kawasan hutan (PPTPKH). 

KLHK juga mengklaim telah melakukan proses dialog perubahan menjadi Taman Nasional jauh pada saat dilakukan kegiatan Evaluasi Kesesuaian Fungsi Cagar Alam sebelum dilakukannya proses usulan perubahan fungsi.  

Terkait kekhawatiran akan rusaknya hutan akibat aktivitas pembangunan untuk investasi perlu dipahami bahwa dalam pengelolaan Taman Nasional, KLHK menegaskan telah dilakukan pembagian ruang yang dilakukan sesuai kriteria kondisi biofisik, keberadaan satwa dan tumbuhan liar, kondisi landscape, keberadaan situs budaya/ sejarah serta aspek lainnya. Pengaturan zonasi meliputi: zona inti, zona rimba, zona pemanfaatan, zona tradisional, zona rehabilitasi, zona religi, budaya dan sejarah serta zona khusus. 

Selanjutnya pada zona pemanfaatan akan dilakukan pengaturan menjadi ruang usaha dan ruang publik. 

Proses pembangunan sarana wisata pada kawasan Taman Nasional sesuai ketentuan peraturan perundangan memang dimungkinkan, namun hal tersebut hanya dapat dilakukan di ruang usaha pada Zona Pemanfaatan. 

Dengan pengaturan ruang ini maka aktivitas investasi tidak akan terjadi pada wilayah selain ruang usaha pada zona pemanfaatan. 

Pengaturan zona ini juga akan membatasi akses pada kawasan taman nasional, masyarakat hanya dapat melakukan aktifitas pada kawasan Taman Nasional yang sesuai dengan peruntukan zona, tidak diperkenankan melakukan aktifitas wisata pada Zona Inti. 

Kementerian LHK sampai dengan saat ini tidak pernah merencanakan pembangunan atau investasi wisata alam dalam bentuk yang masif di Taman Nasional Mutis Timau.