Pada tahun yang sama, ia pun kembali ke Alor Star dan membuka praktik sendiri.
Saat itu, Mahathir menjadi satu-satunya dokter Melayu di daerah tersebut.
Jadi Perdana Menteri Malaysia
Sebelum menjadi perdana menteri, Mahathir terpilih jadi anggota parlemen pada tahun 1964 di bawah payung UMNO.
Ia terpilih ke kursi yang mewakili Kota Star Selatan di parlemen federal.
Mahathir memulai karirnya di bidang politik selama masa yang bergejolak.
Ketegangan rasial antara Tiongkok dan Melayu mencapai puncaknya pada tahun 1969.
Pada tahun yang sama Mahathir kehilangan kampanye pemilihannya kembali.
Kerusuhan ras Mei 1969 membuat ratusan orang Tiongkok dan Melayu terbunuh.
Mahathir menulis surat terbuka yang mengkritik Rahman karena mendukung kepentingan Tiongkok.
Namun, pada 1969, Mahathir dikeluarkan dari UMNO setelah pembelaannya yang kuat terhadap nasionalisme etnis Melayu membawanya ke dalam konflik dengan Perdana Menteri Tunku Abdul Rahman.
Tak berkarier selama tiga tahun, Mahathir kembali ke dunia politik di tahun 1973.
Abdul Rahman mengundurkan diri pada tahun 1970 dan digantikan oleh Abdul Razak Hussein.
Razak mendorong Mahathir kembali ke partai, dan membuatnya ditunjuk sebagai Senator pada tahun 1973.