Militer Israel memperkirakan ada sekitar 15 pejuang tewas dan puluhan orang terluka.
Jihad Islam mengatakan Taiseer Al-Jabari, komandan Brigade al-Quds di Gaza utara, tewas dalam penyerangan itu.
Seorang juru bicara militer Israel mengatakan, serangan itu merupakan reaksi atas "ancaman" dari dua regu militan yang dipersenjatai dengan rudal anti-tank.
Al-Jabari, kata jubir, memang dibidik karena terlibat dalam sejumlah penyerangan terhadap Israel.
Ratusan orang berkumpul untuk menghadiri pemakaman Al-Jabari dan korban meninggal lainnya.
Para pelayat mengibarkan bendera Palestina dan Jihad Islam, serta menyerukan balas dendam.
Selain 10 korban meninggal termasuk Al-Jabari, sedikitnya 55 orang terluka dan telah dirawat di rumah sakit.
Menurut laporan Al Jazeera, bocah 5 tahun yang meninggal dalam insiden tersebut bernama Alaa Qaddoum.
Ia menjadi korban jiwa dari rudal Israel saat mengendarai sepeda motor bersama ayahnya untuk belanja bahan makanan.
"Ibunya Rasha sangat terkejut. Dia kehilangan putrinya dan suaminya dalam sekejap mata dan meninggalkan tiga anak. Kami semua terkejut. Apa salahnya seorang gadis berusia lima tahun yang tidak bersalah dibunuh dengan cara seperti ini?" ungkap Mohammad Abu Jabal, salah satu anggota keluarga.
Sebelum pembunuhan al-Jabari, Israel memperketat cengkeramannya di daerah kantong pantai, dengan menutup semua penyeberangan perbatasan.
Baca juga: Israel Serang Markas Hamas di Jalur Gaza setelah Kunjungan Biden
Baca juga: Badan Yahudi di Rusia Ditutup, Diduga Jalankan Kegiatan Mata-mata Israel dan CIA
Israel juga menutup jalan di sekitar Gaza awal pekan ini dan mengirim bala bantuan ke perbatasan.
Mereka bersiap untuk serangan balas dendam, menyusul penangkapan Bassam Al-Saadi, seorang pemimpin Jihad Islam, dalam serangan militer di Tepi Barat pada hari Senin.
Kelompok Jihad Islam lebih kecil dari Hamas, tetapi menganut ideologi yang serupa.
Kedua kelompok pejuang militan ini menentang keberadaan Israel dan telah melakukan sejumlah serangan mematikan selama bertahun-tahun, termasuk penembakan roket ke Israel.
Tidak jelas seberapa besar kendali Hamas atas Jihad Islam, dan Israel menganggap Hamas bertanggung jawab atas semua serangan yang berasal dari Gaza.
(Tribunnews/Ika Nur Cahyani)