Ia berada di saf atau barisan ketiga dalam Salat Jenazah.
Hamas diketahui selama ini mendapat dukungan penuh dari Iran baik soal senjata hingga dana untuk melawan Israel.
Haniyeh secara luas dianggap sebagai pemimpin Hamas secara keseluruhan dan telah menjadi anggota terkemuka gerakan tersebut sejak tahun 1980.
Departemen Luar Negeri AS menetapkan dia sebagai teroris pada tahun 2018.
“Saya datang atas nama rakyat Palestina, atas nama faksi perlawanan di Gaza untuk menyampaikan belasungkawa kami,” kata Haniyeh.
Dia juga menggambarkan pertemuannya dengan Raisi di Teheran selama bulan Ramadhan, bulan suci puasa umat Islam.
Dia mengatakan dia mendengar presiden mengatakan bahwa “masalah Palestina” tetap menjadi salah satu masalah utama dunia Muslim, yang “harus memenuhi kewajiban mereka kepada Palestina untuk membebaskan tanah mereka”.
Dia juga mengklaim bahwa Raisi menyebut serangan Hamas pada 7 Oktober di Israel, yang menewaskan 1.200 orang dan 250 lainnya disandera, sebagai "gempa bumi di jantung entitas Zionis".
Selain Ismail Haniyeh, hadir juga Perdana Menteri Pakistan Shehbaz Sharif dan delegasi Taliban Afghanistan, termasuk Menteri Luar Negeri mereka Amir Khan Mutaqqi.
Pemerintahan Islam Iran mengumumkan lima hari berkabung atas kecelakaan yang terjadi pada hari Minggu, dan mendorong masyarakat untuk menghadiri sesi berkabung publik.
Diperkirakan satu juta orang hadir pada tahun 2020 untuk prosesi mendiang Jenderal Garda Revolusi Qasem Soleimani, yang terbunuh dalam serangan pesawat tak berawak AS di Bagdad.
Pemimpin Tertinggi Iran Ayatollah Ali Khamenei mengumumkan lima hari berkabung publik setelah kematian Raisi
Di seluruh ibu kota, spanduk-spanduk besar dikibarkan memuji Raisi sebagai "martir pelayanan", sementara spanduk-spanduk lain mengucapkan "selamat tinggal kepada pelayan orang-orang yang kurang beruntung".
Beberapa warga di Teheran menerima pesan teks yang mendesak mereka untuk menghadiri upacara pada hari Rabu, kantor berita AFP melaporkan.