Selanjutnya, Soenarko masuk di Sekolah Staf dan Komando Angkatan Darat (Seskoad) pada 1995, berlanjut ke Sesko TNI.
Tahun 2005 ia mengeyem pendidikan di Lembaga Ketahanan Nasional (Lemhanas).
Pada 12 September 2007, ia dipercaya menjadi Komandan Jenderal Pasukan Khusus (Kopassus) ke 22.
Saat itu, Soenarko menggantikan Danjen Kopassus sebelumnya, yakni Mayjen TNI Rasyid Qurnuen Aquary.
Jabatan itu ia emban selama satu tahun hingga 1 Juli 2008.
Tidak lama setelah itu ia digantikan Mayjen TNI Pramono Edhie Wibowo.
Soenarko pun diminta untuk menggantikan Pangdam Iskandar Muda sebelumnya, yakni Mayjen TNI Supiadin AS.
Selesai tahun 2009 sebagai Pangdam Iskandar Muda pun berakhir, Soenarko lalu menjabat sebagai Komandan Pusat Kesenjataan Infanteri (Pussenif) pada 2009, menggantikan Mayjen TNI Nartono.
Selang setahun, pada 2010, Soenarko digantikan oleh Mayjen TNI Siswondo.
Selama berada di dunia kemiliteran, Soenarko pernah mendapatkan bintang jasa, di antaranya SL. Seroja, SL. Dwidya Sistha, SL Kesetiaan 8 tahun dan SL Kesetiaan 16 tahun.
Terjun di Politik
Setelah rampung di karier militernya, Mayjen Soenarko pun terjun ke dunia politik.
Ia pernah menjadi anggota Partai Aceh dari tahun 2012-2016.
Sebelum pada tahun 2017 bergabung dengan Partai Nangroe Aceh, Soenarko dikabarkan sempat bergabung ke Partai Gerindra.