Terkait hal tersebut, pihaknya meminta pemerintah untuk meningkatkan koordinasi antar-kementerian dalam melaksanakan proyek tol laut, yang mencakup Kementerian Perhubungan, Kementerian Perdagangan, Kementerian Perindustrian, Kementerian Pertanian, dan Kementerian Kelautan dan Perikanan,
"Karena ada banyak hal yang tak bisa ditangani Kementerian Perhubungan, seperti pendistribusian barang, pengendalian pasar, pemanfaatan hasil pertanian dan perikanan, dan pengembangan industri di kawasan timur," katanya.
Pemerintah pusat juga harus menginstruksikan pemerintah daerah untuk memprioritaskan tol laut, terutama dalam penjualan barang tol laut di daerah pedalaman dan pengangkutan hasil pertanian dan perikanan melalui kapal tol laut.
“Pemerintah seharusnya memperbanyak angkutan pelayaran rakyat dari pelabuhan singgah ke pulau-pulau di sekitarnya serta memperbaiki akses jalan publik dan menambah moda transportasi darat ke daerah 3T (Terluar, Tertinggal, Terisolasi),” kata Rusmin.
Selain mendorong terjadinya koordinasi antar-lembaga, BPKP juga meminta pemerintah melakukan hal-hal berikut ini:
1. Membenahi proses bongkar muat barang di pelabuhan-pelabuhan singgah, termasuk memperbaiki dan membangun infrastrukturnya. Janji Pemerintah untuk menurunkan waktu inap barang (dwelling time) dari 6 hari menjadi 3 hari harus diwujudkan, bukan hanya di pelabuhan pangkal tapi juga di pelabuhan singgah.
2. Menyosialisasikan secara maksimal keberadaan tol laut, terutama kepada pemangku kepentingan di daerah, sehingga barang yang diangkut oleh pelayaran bersubsidi dalam proyek tol laut bisa lebih diprioritaskan daripada barang yang diangkut kapal niaga swasta.
3. Meningkatkan pengawasan pada muatan kapal tol laut, terutama memastikan agar perusahaan ekspedisi besar tak memborong jatah kontainer dan menindak tegas praktik ekonomi negatif, seperti oligopoli, monopoli, dan kartel dalam proyek tol laut.