Adapun Yunahar Ilyas pertama kali meniti kariernya menjadi seorang guru di Madrasah Mu'allimin Muhammadiyah Yogyakarta pada tahun 1984 hingga 1990.
Selanjutnya, ia menjadi Staf Pengajar Tetap di Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY), Fakultas Agama Islam mulai tahun 1987 hingga sebelum ia tutup usia.
Pada universitas tersebut, Yunahar Ilyas juga tercatat sebagai Staff Pengajar Pascasarjana sejak tahun 2000 hingga kini.
Selain UMY, ia juga tercatat pada posisi yang sama di Universitas Muhammadiyah Surakarta (UMS) mulai 2006 hinggga sekarang.
Di UMY, ia pernah menjabat dalam struktur kampus menjadi Dekan Fakultas Agama Islam pada tahun 2003-2007.
Mulai tahun 1990 hingga sekarang, ia menjadi pengasuh Pondok Pesantren Budi Mulia Yayasan Shalahuddin Yogyakarta.
Sebelumnya ia pernah menjabat sebagai Sekretaris Lembaga Pengakajian dan Pengamalan Islam (LPPI) di UMY periode 1987-1994 dan Wakil Kepala LPPI periode 1996-1999.
(Tribunnews.com/Wahyu Gilang P/Nidaul 'Urwatul Wutsqa)