Kemudian pada 2004, ia mengemban jabatan sebagai Kasi Ops Korem 101/Antasari dan pada 2006 , ia memegang tongkat komando sebagai Dandim 1007/Banjarmasin.
Karirnya pun terus menanjak, pada 2014 ia dipercaya menjadi Danrem 074/Warastratama.
Selanjutnya pada 2015, ia menjabat sebagai Danrem 032/Wirabraja.
Baca juga: KSAD Prihatin Prajurit dan PNS TNI AD yang Wafat Akibat Sakit Meningkat Hampir 2 Kali Lipat
Dua tahun kemudian, tepatnya pada 2017, Bakti Agus Fadjari dipercaya menjadi Kasdam IV/Diponegoro.
Satu tahun berselang, ia ditarik ke Jakarta menjadi Staf Khusus Kasad pada 2018.
Setelah itu, ia dipercaya menjadi asisten teritorial KSAD pada tahun 2019.
Pada Juni 2020, ia dipercaya menjadi Pangdam IV/Diponegoro hingga akhirnya ia pun ditunjuk menjadi Wakil KSAD pada 2021 ini.
Baca juga: TNI AD Berikan Healing Treatment Bagi Anak-anak Korban Bencana Gempa Bumi di Mamuju
Selama berkarir di militer, Mayjen TNI Bakti Agus Fadjari pun mengikuti berbagai operasi.
Pada 1989, diketahui Bakti Agus Fadjari ikut dalam Operasi Timor Timur.
Kemudian pada 1992 dan 1995, 0ia kembali diturunkan untuk mengikuti operasi Timor Timur.
Pada 2003, Bakti Agus Fadjari diterjunkan untuk mengikuti operasi Aceh.