Ia pernah menjadi murid KH. Ali Maksum di Madrasah Al-Munawwir Krapyak di Yogyakarta.
Pendidikannya berlanjut di Fakultas Ilmu Sosial dan Politik, Universitas Gadjah Mada.
Dibesarkan dari kultur Nahdilyin kuat dan kehidupan pesantren, KH. Yahya Cholil Staquf pun pernah menjadi pengasuh Pondok Pesantren Raudlatut Tholibin, Rembang, Jawa Tengah.
Jubir Gus Dur hingga Watimpres
Nama KH. Yahya Cholil Staquf mulai melejit ketika menjadi juru bicara Presiden ke-4 Republik Indonesia, Abdurrahman Wahid atau Gus Dur.
Pada tahun 2014, KH. Yahya Cholil Staquf menjadi salah satu inisiator pendiri institut keagamaan di California, Amerika Serikat, yang bernama Bayt Ar-Rahmah Li adDa'wa Al-Islamiyah rahmatan Li Al-alamin yang mengkaji agama Islam untuk perdamaian dan rahmat alam.
Pada 2015, KH. Yahya Cholil Staquf terpilih sebagai Katib Aam Syuriah Pengurus Besar Nahdlatul Ulama.
KH. Yahya Cholil Staquf semakin dikenal ketika terpilih sebagai anggota Dewan Pertimbangan Presiden (Wantimpres) pada 2018, untuk menggantikan tokoh Nahdlatul Ulama (NU) yang wafat pada 2017, KH. Hasyim Muzadi.
Jabatan itu hanya ia emban setahun, yaitu hingga 2019.
(Tribunnews.com/Chrysnha/Reza Deni/Daryono) (Tribunnewswiki) (Kompas.com/Dian Erika Nugraheny)