Rafael Alun diduga memiliki beberapa perusahaan, di antaranya PT Artha Mega Ekadhana (AME) yang bergerak dalam bidang jasa konsultasi terkait dengan pembukuan dan perpajakan.

Penyidik KPK telah menemukan Rafael Alun diduga menerima aliran uang sebesar 90 ribu dolar AS melalui PT AME. 

Alat bukti lain yang disita penyidik adalah safety deposit box (SDB) berisi uang sejumlah sekitar Rp32,2 miliar yang tersimpan dalam di salah satu bank dalam bentuk pecahan mata uang dolar AS, mata uang dolar Singapura, dan mata uang Euro.

Seiring proses penyidikan berjalan, KPK turut menjerat Rafael dengan pasal pencucian uang. 

KPK telah menyita sejumlah aset Rafael diduga hasil dari korupsi. 

Seperti dua mobil jenis Toyota Camry dan Land Cruiser, motor gede Triumph 1.200 cc, rumah di Simprug, Jakarta Selatan, rumah kos di Blok M dan kontrakan di Meruya, Jakarta Barat.