Selain gratifikasi, Rafael Alun juga didakwa melakukan Tindak Pidana Pencucian Uang (TPPU). Pencucian uang tersebut patut diduga merupakan hasil dari tindak pidana korupsi berkaitan dengan penerimaan gratifikasi.

Modus TPPU itu di antaranya menempatkan modal ke PT Statika Kensa Prima Citra (SKPC) sebesar Rp315.000.000, mentransfer uang sebesar Rp5.152.000.000 ke rekening Agustinus Ranto Prasetyo, menempatkan uang Rp1.175.711.882 yang berasal dari keuntungan usahanya di PT SKPC ke rekening Agustinus Ranto Prasetyo, serta menempatkan 2.098.365 dolar Singapura dan 937.900 dolar AS di Safe Deposit Box (SOB).

Selain itu membayarkan atau membelanjakan harta kekayaan yang di antaranya, pembelian sejumlah tanah dan bangunan di sejumlah daerah, pembelian sejumlah kendraan roda empat dan dua, hingga pembelian sejumlah tas mewah dengan merek ternama.

"Telah melakukan atau turut serta melakukan beberapa perbuatan yang ada hubungannya sedemikian rupa sehingga harus dipandang sebagai perbuatan berlanjut, berupa perbuatan yang menempatkan, mentransfer, mengalihkan, membelanjakan, membayarkan, menghibahkan, menitipkan, membawa ke luar negeri, mengubah bentuk, menukarkan dengan mata uang atau surat berharga atau perbuatan lain atas harta kekayaan. Dengan maksud menyembunyikan atau menyamarkan asal-usul harta kekayaan yang diketahuinya atau patut diduganya merupakan hasil tindak pidana," ujar jaksa. 

Atas dugaan tersebut, terdakwa Rafael Alun didakwa atas Pasal 3 Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 8 Tahun 2010 tentang Pencegahan dan Pemberantasan Tindak Pidana Pencucian Uang jo Pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP jo Pasal 64 ayat (1) KUHP.