Yaitu dengan metode berbasis program. Seluruh santri akan menerima program pelajaran berjenjang dengan fokus mata pelajaran tertentu dalam waktu tertentu pula. Ada tujuh program unggulan di Pesantren BIMA yang merupakan program unggulan pesantren ini.

Ketujuh program tersebut antara lain Tahsin Al-Qura’an Bimaqu, Tahfizh Al-Qur'an Bimaqu, Fiqih Bimaku, Bahasa Arab Bimaku, Qiroatul Kutub, English Bimaku, dan Program Eksak.

Program ini disusun secara efektif, efisien, sistematis dan sesuai dengan karakter anak masa kini era milenial yang inginnya serba cepat. Program Tahsin misalnya, Anak-anak yang sudah selesai di Program Tahsin akan berlanjut ke program Tahfidz Qur’an.

Pembelajaran berbasis program ini terbukti lebih efektif dan efisien sebagai inovasi dari pesantren BIMA.

Tolak ukur kesuksesan pesantren berbasis program bisa dilihat dari ratusan lulusan Pesantren BIMA yang saat ini melanjutkan belajar di beberapa perguruan tinggi luar negeri. Artinya, mereka sudah memenuhi standart kampus-kampus besar dunia dan berlevel internasional.

Berdiri pada tahun 2013, Pesantren BIMA sudah ratusan mengirim lulusannya ke Universitas-Universitas luar negeri bukan hanya Timur Tengah tapi juga di beberapa negara Eropa, Turki, Rusia, Korea, China, Tunisia, Maroko, China, Australia, Singapura dan Malaysia.

Kyai Imam Jazuli bahkan mentargetkan akan mencetak 1000 alumni BIMA lulusan Universitas Luar Negeri.

"Saya tidak memiliki kepentingan apapun, termasuk ambisi politik apalagi mengejar jabatan dan kekayaan. Saya hanya ingin memiliki kader-kader yang mampu melakukan perubahan yang lebih baik buat negeri ini,"

"Negara kita ini unik, punya cita-cita mencerdaskan kehidupan bangsa. Tapi semakin banyak rakyat yang cerdas semakin tidak kritis, semua asyik dengan gadget masing-masing sampai tak peduli lagi dengan situasi negeri ini," kata Kyai Imam.

Selain cita-cita mulia tersebut, Kyai Imam Jazuli juga ingin menjadikan Pesantren BIMA sebagai pesantren percontohan yang adaptif sebagai jawaban atas perubahan zaman yang dihantui dengan bayang-bayang DISRUPTIF.