Kemudian berlanjut hingga 1997. Lalu dari 1997 hingga 2001, ia bekerja di Sistem Penelitian Perbatasan untuk Perubahan Global di Jepang menjabat sebagai Direktur Divisi Riset Pemanasan Global.

Pada tahun 2002 ia kembali ke Amerika Serikat sebagai kolaborator penelitian tamu di Program Ilmu Atmosfer dan Kelautan, Universitas Princeton.

Dia saat ini menjabat sebagai ahli meteorologi senior di universitas. Dia juga terlibat sebagai profesor yang diundang khusus di Universitas Nagoya dari Desember 2007 hingga Maret 2014.

Manabe adalah anggota Akademi Ilmu Pengetahuan Nasional Amerika Serikat, dan anggota asing dari Akademi Jepang, Academia Europaea dan Royal Society of Canada.

Pada tahun 1992, Manabe adalah penerima pertama Penghargaan Planet Biru dari Asahi Glass Foundation. Pada tahun 1995, ia menerima Asahi Prize dari Asahi News-Cultural Foundation. Pada tahun 1997 Manabe dianugerahi Penghargaan Lingkungan Volvo dari Yayasan Volvo. Pada tahun 2015 ia dianugerahi Medali Benjamin Franklin dari Institut Franklin.

Manabe juga mendapat penghargaan Carl-Gustaf Rossby Research Medal dari American Meteorological Society, Second Half Century Award, dan Meisinger Award. Selain itu, ia merasa terhormat dengan Medali William Bowie dan Medali Revelle dari American Geophysical Union, dan pada tahun 1998 menerima Medali Milutin Milankovic dari European Geophysical Society.

Karya Manabe dan Bryan dalam pengembangan model iklim global pertama telah dipilih sebagai salah satu dari Sepuluh Terobosan Teratas yang terjadi dalam 200 tahun pertama NOAA.

Untuk menghormati pengunduran dirinya dari NOAA / GFDL, pertemuan ilmiah tiga hari diadakan di Princeton, New Jersey pada bulan Maret 1998. Itu berjudul "Memahami Perubahan Iklim: Sebuah Simposium untuk menghormati Syukuro Manabe".

Pertemuan tahunan American Meteorological Society 2005 termasuk Simposium Suki Manabe khusus.

Bersama Manabe dengan ahli iklim James Hansen menerima BBVA Foundation Frontiers of Knowledge Award dalam kategori Perubahan Iklim dalam edisi kesembilan (2016) dari penghargaan tersebut.

Kedua pemenang secara terpisah bertanggung jawab untuk membangun model komputasi pertama dengan kekuatan untuk mensimulasikan perilaku iklim. Beberapa dekade yang lalu, mereka dengan tepat memprediksi berapa banyak suhu bumi akan naik karena meningkatnya CO2 di atmosfer. Sejumlah model yang saat ini digunakan untuk memetakan evolusi iklim adalah pewaris dari model yang dikembangkan oleh Manabe dan Hansen.

Pada tahun 2018, Manabe menerima Crafoord Prize in Geosciences bersama dengan Susan Solomon "atas kontribusi mendasar untuk memahami peran gas jejak atmosfer dalam sistem iklim Bumi".

Pada tahun 2021, ia menerima Ordo Kebudayaan. Sementara itu beasiswa bagi yang mau sekolah ke Jepang dapat dimintakan informasinya lewat email: info@tribun.in dengan subyek: Beasiswa Jepang.