Meski berkembang pesat di Kaohsiung, orang-orang Austronesia ini bukanlah penghuni pertama Kaohsiung.

Penggalian arkeologi telah menemukan bukti bahwa daerah itu dihuni bahkan lebih awal dari 4000 SM, tetapi oleh siapa dan untuk berapa lama masih belum diketahui.

Tanda pertama yang dapat dilacak dari budaya Cina di Taiwan muncul pada abad ke-12 dan ke-13 M.

Pada tahun 1206, Kaohsiung menjadi protektorat Kekaisaran Cina di bawah Jenghis Khan, tetapi sebenarnya tidak ada pemerintah Cina di pulau itu sampai lama kemudian.

Sementara itu, suku Aborigin terus mendominasi wilayah Kaohsiung.

Kedatangan Belanda ke Kaohsiung

Pada tahun 1624 pemukim Eropa pertama datang ke Kaohsiung dengan kedatangan Belanda.

Mereka menjajah pulau itu, mendirikan markas mereka di Tainan dengan benteng lebih lanjut didirikan di Zuo Ying modern.

Sementara bagian utara diperebutkan oleh Spanyol, Belanda memegang bagian selatan pulau dengan kuat dalam genggaman mereka.

Akhirnya, mereka diusir secara paksa pada tahun 1661 oleh pasukan jenderal Cina Cheng Cheng-Kung, juga dikenal sebagai Koxinga.

Cheng adalah seorang loyalis Ming yang berencana menggunakan pulau itu sebagai basis operasi dalam perangnya untuk menggulingkan Dinasti Qing dan mengembalikan Dinasti Ming.

Cheng mendirikan Kabupaten Wan Nien di Zuo Ying modern dan memperluas kegiatan pertanian di sekitar wilayah Kaohsiung.

Pada Mei 1662 Cheng Yung-Hua menjadi gubernur pertama di wilayah tersebut.

Kaohsiung dikenal sebagai Wan Nien Chow pada tahun 1664.