Sejarah mencatat, pesantren adalah komunitas independen yang tumbuh di tengah-tengah masyarakat.

Meski pada tahun-tahun itu kerajaan merupakan bentuk pemerintahan yang sah, jelas Gus Yahya, tapi mereka tidak mengkooptasi pesantren.

Ikatan antara dua kekuatan ini, sering disimbolkan dengan penyerahan hasil panen oleh petani yang santri kepada raja.

"Tapi jelas, pesantren itu independen sejak awal pertumbuhannya," kata Gus Yahya. Lewat dunia pesantren, lalu muncullah para pemimpin informal dari kalangan santri seperti Ki Ageng Mangir, Ki Ageng Pamanahan, Ki Ageng Pengging, Ki Ageng Sela, Ki Ageng Suryomentaram, Ki Ageng Gribig dan lain sebagainya. Dari tangan mereka, lahirlah pula para santri yang menjadi bakal patriot bangsa dan negara.

"Demikian independennya, hingga sejumlah pesantren lewat para Kiai Ageng, lahirlah kesultanan-kesultanan di Nusantara. Kerajaan-kerajaan Islam itu bekerjasama dengan pesantren. Banyak pangeran yang dikirim raja untuk menimba ilmu dari para ulama di pesantren. Pesantren sebagai NU kecil, sampai kapan pun akan selalu menjadi benteng pertahanan bangsa Indonesia," ujar Gus Yahya.