Saat baru lulus dari AAL pada 1989, Ali muda dibesarkan di kapal selam TNI AL.

Hal ini terlihat dari rekam jejak Ali pada awal-awal ia meniti karier di matra laut.

Tugas pertamanya yakni menjadi Perwira Departemen Operasi Kapal Perang Republik Indonesia (KRI) Sigalu-857 pada 1990.

Dua tahun berikutnya, atau tepatnya pada 1992, Ali berpindah dari kapal patroli cepat kelas attack ke kapal selam KRI Nanggala-402.

Di kapal selam ini, ia mengampu jabatan sebagai Asisten Perwira Divisi Ekasen.

Pada 1993, Ali berpindah dari kapal selam KRI Nanggala ke kapal selam KRI Pasopati-410 dengan jabatan sebagai Perwira Torpedo.

Ia juga aktif mengikuti simposium serta seminar nasional dan internasional di berbagai negara.

Diantaranya seperti, Amerika Serikat, Singapura, Malaysia, Sri Lanka, Korea Selatan, Bangladesh, dan lain-lain.

Saat masih berpangkat Laksamana Muda, Ali pernah menjabat sebagai Gubernur AAL (2018-2019), Koorsahli Kasal (2019), Pangkoarmada I (2019-2020), Asrena Kasal (2020-2021).

Muhammad Ali Gantikan Yudo Margono 

Laksadya Muhammad Ali meggantikan Yudo Margono yang saat ini menjabat sebagai Panglima TNI. 

Adapun Presiden Jokowi resmi melantik Yudo Margono sebagai Panglima TNI di Istana Kepresidenan, Jakarta, pada hari ini, Senin (19/12/2022) lalu. 

Yudo Margono menggantikan Jenderal Andika Perkasa yang memasuki masa pensiun pada 21 Desember 2022.

Sebelum dilantik, ia terlebih dahulu disahkan oleh DPR RI sebagai Panglima TNI.