Polemik itu bermula Prof Thomas menuliskan keheranannya dengan Muhammadiyah yang tidak taat kepada pemerintah terkait penentuan Lebaran 2023, namun ingin memakai lapangan untuk sholat Idul Fitri.

Kemudian hal itu dikomentari oleh AP Hasanuddin yang dianggapnya Muhamadiyah menjadi musuh bersama dalam takhayul, bidah dan churofat.

"Kalian Muhammadiyah, meski masih jadi saudara seiman kami, rekan diskusi lintas keilmuan tapi kalian sudah kami anggap jadi musuh bersama dalam hal anti-TBC (takhayul, bidah, churofat) dan keilmuan progresif yang masih egosektoral. Buat apa kalian berbangga-bangga punya masjid, panti, sekolah, dan rumah sakit yang lebih banyak dibandingkan kami kalau hanya egosentris dan egosektoral saja?" komentar Hasanuddin.

Tak hanya itu saja Hasanuddin bahkan mengancam menghalalkan darah dari Muhamadiyah.

"Perlu saya halalkan gak nih darahnya semua Muhammadiyah? Apalagi Muhammadiyah yang disusupi Hizbut Tahrir melalui agenda kalender Islam global dari Gema Pembebasan? Banyak bacot emang!!! Sini saya bunuh kalian satu-satu. Silakan laporkan komen saya dengan ancaman pasal pembunuhan! Saya siap dipenjara. Saya capek lihat pergaduhan kalian," lanjutnya.

Mengkonfirmasi komentar yang dilakukan Hassanudin, Profesor Riset Astronomi dan Astrofisika Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN), Thomas Djamaluddin menyebutkan bahwa komentar yang dibuat Hassanudin merupakan hal yang berlebihan.

"Itu tanggapan yang berlebihan saat beragumentasi dengan Ahmad Fauzan," kata Prof Thomas kepada Tribunnews.com, Senin (24/4/2023).

Kemudian dikatakan Prof Thomas bahwa yang bersangkutan sudah meminta maaf.

"Andi PH sudah menyatakan penyesalan dan permohonan maaf," tutupnya.