Rafael, saat menjabat Kepala Bidang Pemeriksaan, Penyidikan dan Penagihan Pajak pada Kantor Wilayah Ditjen Pajak Jawa Timur I 2011 lalu, diduga menerima gratifikasi dari beberapa wajib pajak atas pengondisian berbagai temuan pemeriksaannya.

Gratifikasi itu diduga diterima Rafael melalui PT Artha Mega Ekadhana (AME).

KPK menyebut beberapa wajib pajak diduga menggunakan PT AME untuk mengatasi permasalahan pajak khususnya terkait kewajiban pelaporan pembukuan perpajakan pada negara melalui Ditjen Pajak.

KPK telah menyita sejumlah aset Rafael diduga hasil dari gratifikasi. Seperti dua mobil jenis Toyota Camry dan Land Cruiser, motor gede Triumph 1.200 cc, rumah di Simprug, Jakarta Selatan, rumah kos di Blok M dan kontrakan di Meruya, Jakarta Barat.

Adapun kasus Rafael Alun bermula dari temuan Laporan Harta Kekayaan Penyelenggara Negara (LHKPN) yang dinilai janggal oleh KPK.

Jumlah harta kekayaan Rafael Alun yang fenomenal terungkap setelah sang anak, Mario Dandy, terlibat kasus penganiayaan terhadap David Latumahina.

David merupakan anak dari Jonathan Latumahina yang merupakan seorang pengurus GP Ansor.

Setelah Mario ditangkap beserta sebuah mobil Jeep Rubicon yang digunakan buat mengangkut pelaku, beredar rekaman video yang memperlihatkan peristiwa penganiayaan terhadap David. Kemudian sejumlah harta kekayaan Rafael yang diduga janggal terungkap.