Pesawat mendarat di Kendari pukul 07.11 WITA.

Selama transit ini, pilot dan kopilot menyantap mi instan di kokpit.

Setelah penurunan penumpang selesai, proses boarding penumpang dilakukan, penerbangan kembali ke Jakarta dimulai.

Setelah proses boarding selesai, pesawat mulai bergerak menuju tujuan penerbangan pulang dengan nomor penerbangan BTK6723 pukul 08.05 WITA.

Saat pesawat mencapai ketinggian 36.000 kaki, kedua pilot melepas headset dan mengeraskan volume pengeras suara kokpit.

Selama penerbangan ini, pilot meminta izin kepada kopilot untuk bergantian istirahat sehingga posisi pilot digantikan oleh kopilot.

Beberapa saat kemudian, pilot menawarkan kopilot untuk beristirahat, kopilot menolak. Mereka lalu berbincang selama 30 menit dan pilot melanjutkan tidur.

Kemudian, kopilot melakukan kontak awal dengan Air Traffic Services (ATS) Jakarta terkait dengan lokasi landing di Bandara Soekarno Hatta.

Kemudian Beberapa saat kemudian, kopilot ikut tertidur.

Komunikasi ATS Jakarta dengan kopilot pun terputus.

ATS Jakarta menelpon BTK6723 namun tidak ada respon dari pilot.

Bahkan, ATS Jakarta menghubungi pesawat lain untuk melakukan kontak dengan pilot BTK6723 tapi tidak ada satupun yang ditanggapi oleh pilot.

Pada 09.11 WIB atau 28 menit setelah transmisi (komunikasi) terakhir yang direkam dari kopilot, si pilot terbangun dan sadar bahwa pesawat tidak berada pada jalur penerbangan yang benar.

Pilot kemudian melihat kopilotnya tertidur, lalu membangunkannya.

Pada waktu yang hampir bersamaan, pilot menanggapi panggilan dari orang lain pilot dan Jakarta ACC.