Rafael Alun tetap divonis dengan pidana 14 tahun penjara dan denda Rp 500 juta subsider tiga bulan kurungan. 

Dia juga dihukum dengan pidana tambahan berupa pembayaran uang pengganti sejumlah Rp 10.079.095.519 subsider tiga tahun penjara.

Rafael Alun dinilai terbukti menerima gratifikasi dan melakukan TPPU sebagaimana diatur dan diancam pidana dalam Pasal 12 B juncto Pasal 18 Undang-Undang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi (UU Tipikor) juncto Pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP juncto Pasal 64 ayat (1) KUHP dan Pasal 3 ayat (1) huruf a dan c UU 25/2003 tentang TPPU juncto Pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP juncto Pasal 64 ayat (1) KUHP dan Pasal 3 UU 8/2010 tentang Pencegahan dan Pemberantasan TPPU juncto Pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP juncto Pasal 64 ayat (1) KUHP.

Dalam surat dakwaan jaksa KPK, Rafael disebut bersama-sama dengan istrinya Ernie Meike Torondek secara bertahap sejak tanggal 15 Mei 2002 sampai dengan bulan Maret 2013 telah menerima gratifikasi berupa uang seluruhnya sejumlah Rp 16,6 miliar.

Penerimaan gratifikasi tersebut melalui PT ARME, PT Cubes Consulting, PT Cahaya Kalbar dan PT Krisna Bali International Cargo. 

Hal tersebut berhubungan dengan jabatan dan berlawanan dengan kewajiban atau tugas Rafael.

Selain gratifikasi, Rafael bersama-sama Ernie juga didakwa melakukan TPPU dalam periode 2003–2010 sebesar Rp 5,1 miliar dan penerimaan lain sejumlah Rp 31,7 miliar.

Berikutnya, periode 2011–2023 sebesar Rp 11,5 miliar dan penerimaan lain berupa 2.098.365 dolar Singapura dan 937.900 dolar AS serta sejumlah Rp 14,5 miliar.
Rafael Alun menempatkan harta kekayaan yang patut diduga merupakan hasil tindak pidana ke dalam penyedia jasa keuangan. 

Ia juga membeli sejumlah aset berupa tanah dan bangunan, kendaraan roda dua dan empat, hingga perhiasan.