Selanjutnya, ia pernah menduduki jabatan akademik di UII seperti Pembantu Rektor I, Direktur Pascasarjana Universitas Islam Indonesia hingga Ketua Umum Dewan Pimpinan Pusat Keluarga Alumni UII.

Selain itu, ia juga pernah menduduki jabatan akademik di beberapa perguruan tinggi ternama lainnya.

Sellain itu, Mahfud MD juga pernah menjadi Wakil Ketua Umum Dewan Tanfidz DPP Partai Kebangkitan Bangsa (PKB) pada 2002–2005.

Mengawali karier sebagai akademisi dan partai membawa seorang Mahfud MD menduduki sejumlah jabatan strategis di pemerintahan.

Jabatan-jabatan itu yakni:

- Plt. Staf Ahli dan Deputi Menteri Negara Urusan HAM (1999–2000)
- Menteri Pertahanan Republik Indonesia
- Menteri Kehakiman (2000–2001)
- Anggota DPR RI, menempati Komisi III dan Wakil Ketua Badan Legislatif (2004–2008)
- Anggota Tim Konsultan Ahli pada Badan Pembinaan Hukum Nasional (BPHN) Depkum HAM RI (sekarang)
- Ketua Mahkamah Konstitusi Republik Indonesia (2008–2013)
- Anggota Dewan Pengarah Unit Kerja Presiden Pembinaan Ideologi Pancasila (2017–2018)
- Menkopolhukam (2019–2024)
- Pelaksana Tugas Menteri Komunikasi dan Informatika (2023)

Pada Kamis, 1 Februari 2024, Mahfud MD mengudurkan diri sebagai Menko Polhukam pemerintahan Joko Widodo-Maruf Amin seiring keikutsertaaan dirinya sebagai calon wakil presiden (cawapres) pendamping capres Ganjar Pranowo untuk Pilpres 2024.

Keinginan menjadi Wakil Presiden RI pupus. Takdir berkata lain usai hasil Pilpres 2024 menunjukkan capres-cawapres Prabowo Subianto-Gibran Rakabuming Raka dinyatakan sebagai pemenang pemilu dalam satu putaran.

Baca juga: Ogah Lirik Kursi Menteri Prabowo, Khofifah Nyatakan Fokus Tempur Pilgub Jatim Bersama Emil Dardak

Prabowo Subianto - Gibran Rakabuming Raka meraup 96.214.691 suara atau 58,6 persen dari total suara sah nasional.

Pasangan capres-cawapres Anies Baswedan-Muhaimin Iskandar memperoleh 40.971.906 suara atau 24,9 persen dari suara sah nasional.

Adapun pasangan Ganjar Pranowo-Mahfud MD hanya mendapatkan 27.040.878 suara atau  27.050.878 suara atau 16,47 persen dari suara sah nasional.

Kenyataan pahit harus diterima karena gugatan hasil Pilpres 2024 yang diajukan Anies Baswedan - Muhaimin Iskandar dan Ganjar Pranowo-Mahfud MD ke Mahkamah Konstitusi (MK) diputuskan ditolak.