Satu tahun kemudian, bapak empat anak itu diangkat menjadi Sekretaris Lembaga Pelayanan Pada Masyarakat Universitas Ibn Khaldun Bogor.
Kemudian, ia diangkat sebagai Kepala Biro Administrasi Umum Universitas Ibn Khaldun Bogor antara tahun 1987-1989.
Di sela-sela ia menduduki jabatan tersebut, Suswono mengikuti Sekolah Kepemimpinan Tingkat Madya (SEPADYA) Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia pada 1988 dan berhasil menjadi lulusan terbaik.
Pada 1998, Suswono hijrah ke dunia politik.
Ia menjadi salah satu pelopor pembangunan Partai Keadilan (PK) atau yang kini dikenal sebagai PKS.
Dalam partainya, Suswono ditunjuk menjadi Wakil Sekretaris Jenderal.
Pada 2007, ia didapuk sebagai Ketua Wilayah Dakwah Jawa Tengah dan Yogyakarta DPP PKS hingga tahun 2009.
Pada Pemilu 2004, Suswono terpilih menjadi Anggota Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia (DPR-RI) dari Fraksi PKS daerah pemilihan Jawa Tengah IX.
Ia berhasil meraih 21.433 suara.
Suswono juga sempat menduduki jabatan Wakil Ketua Komisi IV DPR-RI hingga tahun 2009.
Terhitung ia menjadi anggota dewan selama dua periode, yakni 2004-2009 dan 2009-2014.
Pada 2009, Suswono diangkat menjadi Menteri Pertanian dalam Kabinet Indonesia Bersatu II 2009-2014.
Pada Pemilu 2014 hingga 2024, Suswono kembali mencalonkan diri sebagai anggota DPR RI namun tidak berhasil.
Selain itu, Suswono sempat mengikuti kontestasi Pilkada Brebes 2017, namun ia tak berhasil lantaran kalah bersaing dengan pasangan Idza Priyanti dan Narjo.
Baca juga: PDIP Desak Bawaslu Usut Dugaan Paslon Ridwan Kamil-Suswono Bagi Bansos