Sejalan dengan peningkatan status ke penyidikan, KPK menetapkan dua tersangka yakni Antonius Tonny Budiono (ATB)-Dirjen Perhubungan Laut, Adiputra Kurniawan (APK)-Komisaris PT Adhi Guna Keruk Tama (PT AGK).
Atas perbuatannya Adiputra Kurniawan selaku pemberi disangkakan melanggar Pasal 5 ayat 1 huruf a atau pasal 5 ayat 1 huruf b atau Pasal 13 Undang-Undang Nomor 31 tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2001 juncto Pasal 55 ayat 1 ke 1 KUHP.
Sebagai pihak yang diduga penerima, Antonius Tonny Budiono disangkakan melanggar Pasal 12 huruf a atau Pasal 12 huruf b atau pasal 11 dan Pasal 12B Undang-Undang Nomor 31 tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana korupsi sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 20 tahun 2001.
Untuk kepentingan pembuktian, KPK telah menyegel sejumlah ruangan diantaranya Mess yang digunakan Antonius Tonny Budiono, ruang kerja Antonius Tonny Budiono di Kantor Kementerian Perhubungan, dan kantor PT AGK di Sunter, Jakarta Utara.