Saat rezim Orde Baru Soeharto tumbang, ia semakin gigih memperjuangkan hak-haknya lewat berbagai program yang disusunnya.
Salah satunya, melalui organisasi Demmak (Dewan Musyawarah Masyarakat Koteka).
Gerakan referendum dari rakyat Papua untuk menentukan nasib sendiri semakin menguat di era Benny Wenda.
Ia terlibat dalam lobi-lobi politik kepada para pemimpin Indonesia.
Hingga puncaknya terjadi di era Presiden Megawati Soekarnoputri, di mana Papua akhirnya diberi status sebagai daerah Otonomi Khusus.
2. Sempat Mendekam 25 Tahun di Penjara
Akitivitas Benny Wenda tersebut membuatnya harus meringkuk di terali besi dan dihukum 25 tahun penjara.
Benny Wenda berhasil melarikan diri dari ketatnya penjara Indonesia pada 27 Oktober 2002.
Pelariannya dibantu oleh aktivis kemerdekaan Papua Barat. Ia kemudian diselundupkan melintasi perbatasan menuju Papua Nugini.
3. Bermukim di Inggris
Gerakannya semakin leluasa saat Benny Wenda dibantu oleh sekelompok LSM Eropa untuk melakukan perjalanan ke Inggris.
Di Negeri Ratu Elizabeth itulah dirinya kini bermukim.
Benny Wenda masuk ke Inggris sejak tahun 2002, setelah mendapat suaka dari Pemerintah Inggris.
Kemudian, Benny Wenda aktif mengampanyekan kemerdekaan Papua dari Indonesia dari jarak jauh.