Saat sedang menjalankan operasinya, tidak sedikit anggota TNI yang melakukan berbagai tindak kekerasan terhadap para warga.

Akhirnya, pada 20 Agustus 1998, massa membakar Rumah Geudong.

Sebagai informasi, Rumah Geudong dibangun tahun 1818 oleh Ampon Raja Lamkuta, Hulubalang atau pemimpin yang tinggal di Rumoh Raya.

Pada masa perang Belanda, Rumah Geudong kerap dijadikan sebagai pos pengatur strategi perang oleh Raja Lamkuta.

Setelah Raja Lamkuta wafat, Rumah Geudong dipakai adiknya, Teuku Cut Ahmad, kemudian Teuku Keujren Rahmad, Teuku Keujren Husein, dan Teuku Keujren Gade.

Lalu, ketika pemerintah Indonesia melakukan operasi militer di Aceh, pada April 1990, Rumah Geudong sementara ditempati oleh tentara tanpa sepengetahuan pemiliknya.

Rumah Geudong dijadikan sebagai kamp konsentrasi militer sekaligus tempat untuk mengawasi masyarakat bagi pasukan Kopassus ketika Aceh dalam status Daerah Operasi Militer (DOM) pada 1989-1998.

5) Peristiwa Penghilangan Orang Secara Paksa 1997-1998

Penculikan aktivis 1997/1998 adalah peristiwa penghilangan orang secara paksa atau penculikan terhadap para aktivis pro-demokrasi yang terjadi menjelang pelaksanaan Pemilihan Umum (Pemilu) tahun 1997 dan Sidang Umum Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) tahun 1998.

Peristiwa penculikan ini dipastikan berlangsung dalam tiga tahap: Menjelang pemilu Mei 1997, dalam waktu dua bulan menjelang sidang MPR bulan Maret, sembilan di antara mereka yang diculik selama periode kedua dilepas dari kurungan dan muncul kembali.

Beberapa di antara mereka berbicara secara terbuka mengenai pengalaman mereka. Tapi tak satu pun dari mereka yang diculik pada periode pertama dan ketiga muncul.

6) Peristiwa Kerusuhan Mei 1998

Kerusuhan Mei 1998 adalah kerusuhan rasial terhadap etnis Tionghoa yang terjadi di Indonesia pada 13 Mei–15 Mei 1998, khususnya di Ibu Kota Jakarta namun juga terjadi di beberapa daerah lain.

Kerusuhan ini diawali oleh krisis finansial Asia dan dipicu oleh tragedi Trisakti di mana empat mahasiswa Universitas Trisakti ditembak dan terbunuh dalam demonstrasi 12 Mei 1998.