Keaktifan Saan Mustofa di organisasi telah dimulai sejak dirinya kuliah.
Ia pernah tergabung dalam SEMA IKIP Bandung sebagai Sekretaris Umum dan SEMA MIPA sebagai Ketua.
Tak hanya itu, Saan juga pernah menjadi Ketua Umum HIMA Fisika IKIP Bandung.
Ia juga merupakan mantan kader Himpunan Mahasiswa Islam (HMI).
Saan diketahui pernah mnejadi Ketua HMI Badko Jawa Barat, Ketua HMI Cabang Bandung, dan Ketua PB HMI.
Baca juga: Pengamat Nilai Ada Optimisme Pada Pidato Anas Urbaningrum, Singgung Pihak yang Penjarakan Dirinya
Di tahun 2005, Saan Mustofa terpilih menjadi Ketua Departemen DPP Partai Demokrat.
Jabatan itu ia emban selama lima tahun hingga 2010.
Saat Anas Urbaningrum menjadi Ketua Umum Demokrat, Saan kemudian diangkat sebagai Wakil Sekretaris Jenderal DPP Demokrat.
Namun, setelah gagal di Pilkada Karawan 2015, Saan berpindah haluan ke NasDem.
Pada 2016, ia menjabat sebagai Ketua DPW Partai NasDem.
Saat menjadi kader Demokrat, Saan Mustofa pernah meraih penghargaan Charta Politika Award tahun 2012.
Saan dikenal sebagai sahabat dekat Anas Urbaningrum.
Pada 2014 silam, Saan termasuk orang yang menjenguk saat Anas ditahan di Rutan KPK.
Bahkan, kala itu, ia membawa buku Biografi Alex Ferguson untuk Anas Urbaningrum.