Perkumpulan Ekomarin memiliki visi yakni terwujudnya pengelolaan sumber daya alam kepulauan, kelautan, pesisir, dan perikanan yang adil dan lestari untuk kemakmuran rakyat Indonesia.
Sedangkan misi-misi Ekomarin sebagai berikut :
Melakukan pemberdayaan terhadap masyarakat yang terkait dengan sumber daya pesisir, kepulauan dan kelautan
Mendorong tata kelola pengelolaan sumber daya kelautan, kepulauan dan perikanan berbasis mitigasi dan adaptasi perubahan iklim serta pengurangan resiko bencana yang adil dan lestari untuk mencapai kesejahteraan rakyat.
Melakukan penelitian dan pengelolaan pengetahuan terkait kondisi sumber daya alam kepulauan, kelautan, pesisir, dan perikanan termasuk iklim
Advokasi kebijakan untuk pengelolaan sumber daya alam – kelautan dan kepulauan yang adil dan bijaksana
Mendekatkan akses terhadap keadilan bagi masyarakat yang terkait sumber daya pesisir dan pulau-pulau kecil.