Usulan Erbakan tersebut membuat resah para pemimpin negara-negara di kawasan Eropa, yang bekerja-sama dengan Turki. Pada masa itu, Turki menganut paham sekuler. Usulan yang disampaikan oleh Erbakan dapat memengaruhi kebijakan-kebijakan Eropa di Timur Tengah.

Walaupun begitu, usulan Erbakan didukung oleh sebagian besar pemilih. Dari total 550 kursi di legisalatif, Partai Refah memperoleh 158 kursi. Perolehan kursi ini menjadi yang terbanyak dibandingkan dengan parta-partai lainnya.

Hasil 158 kursi ini menjadikan Partai Refah sebagai partai Islam pertama yang secara umum memenangkan pemilihan umum di Turki.

Erbakan mencoba membuat pemerintahan koalisi pada awal tahun 1996. Usaha ini mengalami kegagalan. Kekuasaan tetap dikendalikan oleh koalisi kanan-tengah, yang merupakan gabungan dari Partai Doğru Yol Partisi (DYP) dan Partai Anavatan (The Motherland Party).

Koalisi Kanan-Tengah ini pun dibubarkan pada bulan Juni 1996 akibat pertikaian internal. Erbakan kembali mencoba membentuk koalisinya sendiri. Akhirnya, koalisi pun dapat terbentuk antara Partai Refah dan Partai Doğru Yol Partisi (DYP).

Badan legislatif Turki mennyetujui kesepakatan bahwa Erbakan selaku Ketua Partai Refah dan Tansu Çiller dari pihak DYP akan saling berbagi posisi sebagai Perdana Menteri dan Wakil Perdana Menteri Turki. Posisi-posisi penting lainnya di tingkat kementrian juga dibagi antara Partai Refah dan Partai DYP.

Tetapi, seperti yang kita tahu, usia koalisi rintisan Erbakan hanya setahun. Militer meminta paksa Erbakan mengundurkan diri dari jabatan Perdana Menteri pada tahun 1997. Pemerintah militer menganggap bahwa Partai Refah berusaha meng-Islamkan negara Turki.

Erbakan akhirnya mengundurkan diri pada tanggal 18 Juni 1997. Ini bisa dibilang sebagai kudeta militer atas pemerintahan Erbakan. Alasan militer adalah bahwa Erbakan telah melanggar amanah Konstitusi yang secara tegas mengatur tentang pemisahan agama dengan Negara. Alasan militer lainnya adalah bahwa Erbakan dikhawatirkan menjadikan Turki berpaham Kekhilafahan Islam seperti era Turki Usmani.

Padahal berkali-kali Erbakan menglarifikasi dan menolak tuduhan itu. Tetapi, sebenarnya yang ia inginkan adalah konstitusi Turki harus senafas dengan spirit Islam. Alasan praktis lainnya adalah fakta historis bahwa masyarakat Turki mayoritas muslim (Erbakan: Biography & Facts. Encyclopedia Britania, 2020).

Partai Refah pada akhirnya juga dilarang aktif dalam perpolitikan sejak awal tahun 1998, dan Erbakan kembali dilarang ikut serta dalam perpolitikan selama lima tahun. Tragisnya, pada tahun 2000, Erbakan dipenjara atas tuduhan melakukan ujaran kebencian kepada pemerintah sekuler Turki. Padahal, ujaran kebencian Erbakan ini dilakukan saat berpidato enam tahun silam, yaitu pada tahun 1994.

Walaupun Erbakan harus meringkuk di dalam penjara, pikiran-pikiran Erbakan justru banyak diminati oleh anak muda dan amat populer pada generasi penerusnya. Ini membuktikan bahwa hanya raga yang bisa dipenjara, pikiran tidak!

Dua diantara kader dan murid Erbakan adalah Recep Tayyip Erdogan dan Abdullah Gul, yang turut mendirikan Partai Refah. Karena partai Refah dilarang, ideologi dari Partai ini diwariskan ke Partai Justice and Development Party (Adalet ve Kalkınma Partisi). Partai ini merupakan partai yang kini berkuasa di Turki.

Pikiran dan langkah politik Erbakan terus diawasi dan dibatasi. Sebagai ilmuwan, ia tak mau diam. Bersama kader-kader terbaiknya, ia merintis perguruan tinggi yang ada di Konya, yaitu Konya University, yang berjarak 8 jam perjalanan darat dari bandara internasional Istanbul.

Kampus tersebut Memiliki 6 Fakultas (Fakultas Ilmu Pendidikan, Fakultas Sains, Fakultas Aeronautika dan Astronautika, Fakultas Teknik dan Arsitektur, Fakultas Sosial dan Ilmu Pengetahuan Manusia dan Pariwisata ), 3 Institut (Institut Ilmu Pendidikan, Institut Ilmu Pengetahuan dan Institut Ilmu Sosial) dan 1 Sekolah (Sekolah Bahasa Asing).