Sejak tahun 970 upacara terus diselenggarakan setiap tahun hingga menjadi Gion Matsuri seperti sekarang ini. Prosesi Yamaboko seperti yang dikenal sekarang ini konon berasal dari tahun-tahun akhir zaman Heian. Gion Matsuri sempat tidak diselenggarakan sewaktu Perang Onin, karena adanya kebakaran besar di era Hoei, era Temmei dan era Genji, serta serangan udara pada Perang Dunia II.

Gion Matsuri kemudian dihidupkan kembali oleh warga kota yang merupakan pengusaha yang berpengaruh (machishu).

Berbeda dengan Gion Matsuri yang dikenal sekarang ini, prosesi Yamaboko yang menjadi puncak perayaan Gion Matsuri pada tahun 1966 dilakukan dalam dua tahap yaitu Zensai (prosesi Yama dan Hoko pada tanggal 17 Juli) dan Ato Matsuri (prosesi Yama saja pada tanggal 24 Juli).

Urutan prosesi Yamaboko dilakukan melalui Kujitori shiki (upacara penarikan undian) di balai kota yang dihadiri DPRD Kyoto dan walikota Kyoto. Tradisi penarikan undian sudah dilakukan sejak zaman Muromachi dengan maksud untuk menghindari Yamaboko saling berebut tampil lebih dulu dalam prosesi.

Prosesi dibagi menjadi dua kelompok. Pada prosesi kelompok I, Naginataboko selalu diberi urutan nomor 1 sebagai pembuka jalan, Kankokuboko di urutan nomor 5, Hokaboko di urutan nomor 21, Iwatoyama di urutan nomor 22, dan Funaboko di urutan nomor 23 (urutan terakhir).

Pada prosesi kelompok II, Kita Kannonyama selalu mendapat kesempatan pertama, diikuti oleh Hashibenkeiyama, dan Minami Kannonyama. Pada zaman dulu, jalan utama Shijo-dori masih berupa jalan yang sempit sehingga Naginataboko yang lokasinya menutupi ujung jalan harus dijalankan lebih dulu agar Yamaboko yang lain bisa lewat.