Pewarnaan intrinsik merupakan penumpukan dan penggabungan bahan-bahan di dalam struktur gigi yang mengakibatkan perubahan warna (diskolorisasi) pada bagian dalam struktur gigi selama fase pembentukan/pertumbuhan struktur enamel maupun dentin sang gigi. Pewarnaan jenis ini relatif sukar dirawat.

Ragam perkembangan perubahan warna anomali pada gigi dapat terjadi karena kerusakan pada saat perkembangan intrinsik gigi, diantaranya:

1.  Fluorosis endemic.

Secara umum, kadar fluoride yang diperbolehkan adalah 800-1.000 ppm. Akan tetapi pada anak-anak sebaiknya sekitar 200-300 ppm. Masuknya sejumlah flour saat pembentukan gigi menyebabkan kerusakan struktur gigi pada proses mineralisasinya dan mengakibatkan terjadinya hipoplasia/hipomaturasi enamel.

Perkembangan gigi menjadi porus dan akan menyerap warna di dalam rongga mulut. Anomali pewarnaan email bervariasi dari flek putih hingga bercak coklat atau hitam dengan lubang.

2.  Obat-obatan sistemik.

Masuknya obat-obatan atau bahan kimia pada saat proses pembentukan gigi dapat       menyebabkan perubahan warna gigi. Efek terberat umumnya diakibatkan oleh konsumsi jenis tetrasiklin.

Infiltrasi tetrasiklin pada struktur material dentin kelak akan terlihat lantaran sifat transluensi lapisan enamel sang gigi. Pemakaian obat antibiotik tetrasiklin yang dikonsumsi semasa dalam kandungan pada usia kehamilan ibu lebih dari empat bulan dimana molekul - molekul tetrasiklin dapat melewati barier plasenta dapat mengenai gigi susu yang sedang berada dalam proses pembentukannya.

Bila mengkonsumsi obat ini selama proses pembentukan struktur gigi, maka akan menyebabkan gigi berubah warna menjadi coklat hingga abu-abu pada seluruh struktur gigi, tergantung jumlah, frekwensi, jenis tetrasiklin, dan umur pasien saat obat dikonsumsi. Saat erupsi gigi berwarna kuning terang. Tetapi ketika diberi cahaya akan berubah menjadi coklat.

3.  Kerusakan dalam fase pembentukan gigi.

Kerusakan dalam pembentukan gigi terjadi sebatas lapisan enamel berupa hipoplasia dan hipokalsifikasi. Gigi akan tampak kecoklatan.

4.  Kelainan darah dan faktor-faktor lain :

- a. kondisi sistemik Erythropoietieccongenital menyebabkan warna merah kecoklatan pada gigi susu akibat proses hancurnya sel darah merah secara luas. Produk kerusakan darah dapat bergabung ke dalam dentin dan mewarnai gigi.

- b. suhu tubuh yang tinggi saat pembentukan gigi menyebabkan perubahan warna berbentuk pita pada email.