Tujuan-tujuan yang telah disebutkan di atas akhirnya dicapai dengan cara membentuk sebuah lembaga negara.

Apabila merunut dari UUD 1945 lembaga-lembaga dalam sistem pemerintah Indonesia adalah:

- Eksekutif: Presiden dan Wakil Presiden

- Legislatif: Dewan Perwakilan Rakyat (DPR), Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR), Dewan Perwakilan Daerah (DPD)

- Yudikatif: Mahkamah Konstitusi (MK), Mahkamah Agung (MA), Komisi Yudisial (KY)

Lembaga-lembaga di atas memiliki tugas dan wewenang yang berbeda-beda dan berikut adalah penjelasannya.

1. Presiden dan Wakil Presiden

Presiden memiliki wewenang dan kekuasaan yaitu sebagai kepala negara dan kepala pemerintahan yang mengatur seluruh berjalannya sistem serta dibantu oleh wakil presiden.

Presiden dan wakil presiden adalah bagian dari lembaga eksekutif dengan memegang jabatan selama lima tahun dan sesudahnya dapat dipilih kembali dalam masa jabatan yang sama berdasarkan UUD 1945 pasal 7.

Presiden memiliki wewenang dan kekuasaan yaitu sebagai kepala negara dan kepala pemerintahan yang mengatur seluruh berjalannya sistem serta dibantu oleh wakil presiden.

Namun, presiden dan wakil presiden dapat diberhentikan dalam masa jabatannya oleh MPR atas usul DPR dengan alasan:

- Telah melakukan pelanggaran hukum berupa pengkhianatan terhadap negara.

- Melakukan korupsi.

- Melakukan penyuapan.