Hingga kemudian Pengadilan Tindak Pidana Korupsi (Tipikor) memvonis Syaukani dengan hukuman penjara dua tahun enam bulan.

Selanjutnya, Mahkamah Agung (MA) menambah hukumannya menjadi enam tahun penjara.

Dilansir dari Tribunnews, Presiden RI yang ketika itu dijabat Susilo Bambang Yudhoyono membebaskannya dengan memberikan grasi pada 17 Agustus 2010.

Alasannya Syaukani sudah sakit parah.

Sebelum akhirnya memberikan grasi, menurut Mensesneg Sudi Silalahi ketika itu, SBY telah dua kali menolak grasi yang diajukan Syaukani.

"Kemudian, Menteri Hukum dan HAM (Patrialis Akbar) mengajukan kembali grasi itu (Syaukani), dengan pertimbangan kemanusiaan."

"Menteri Hukum dan HAM menghadap langsung ke bapak Presiden, menjelaskan kondisi bersangkutan," papar Sudi.

Baca: Senyum Rita Widyasari Seusai Diperiksa KPK

Ketua Mahkamah Agung, Harifin Tumpa mengatakan pertimbangan memberikan grasi kepada Bupati Kutai Kartanegara, Syaukani Hassan Rais adalah semata-mata karena alasan sosiologis dan keadilan tanpa secuil pun melihat aspek yuridis.

Menurut Tumpa keputusan tersebut diambil lantaran Syaukani telah mengidap berbagai penyakit di tubuhnya.

Hal itu diambil atas dasar analisis Dokter Suprayitno Spesialis Internis dari Rumah Sakit Pusat Pertamina pada tanggal 3 Maret 2009.

"Berdasarkan pemeriksaan fisik dan penunjang lainnya," ujar Tumpa saat jumpa pers di ruangan kerjanya gedung Mahkamah Agung, Jakarta, Jumat (20/8/2010) lalu seperti dikutip dari Tribunnews.

Hasil pengecekan tersebut, lanjut Tumpa disimpulkan bahwa Syaukani mengidap hipertensi, bronkhitis, polemenia, trestomi dengan ventilator dan keterbatasan mental dan fisik.

Serta tak dapat melihat juga berbicara.

Bahkan, intelektualnya juga tidak bisa dipergunakan.