Pada 1999 ia menjadi Direktur Divisi Urusan Sosial, Wakil Kepala Sekretaris Kabinet dalam Kabinet Mori dan Koizumi dari 2000–2003, dan sesudah itu ia diangkat menjadi Sekjen Partai Demokrat Liberal.
Shinzo Abe adalah juru runding utama untuk pemerintah Jepang atas nama keluarga-keluarga Jepang yang diculik dan dibawa ke Korea Utara.
Pada 31 Oktober 2005, ia dicalonkan menjadi Sekretaris Kabinet dari Kabinet kelima Koizumi, menggantikan Hiroyuki Hosoda.
Pada 20 September 2006, ia terpilih sebagai ketua Partai Demokrat Liberal sekaligus menjadi PM Jepang.
Juni 2007 Abe bertemu Presiden Susilo Bambang Yudhoyono di Jakarta menandatangani kesepakatan (MoU) bersama pengiriman 1.500 perawat dan penopang lansia Indonesia ke Jepang.
Angkatan pertama perawat Indonesia tiba di Jepang bulan Januari 2008.
Informasi tenaga kerja Indonesia di Jepang dapat bergabung ke facebook: https://www.facebook.com/groups/kerjadijepang/