Pada zaman orde baru, Baasyir sempat diburu akibat dituding memberikan hasutan.

Ia disebut menghasut orang-orang untuk menolak asas tunggal Pancasila.

Tak hanya Abu Bakar Baasyir, tudingan itu pun dilayangkan pula pada Abdullah Sungkar.

Keduanya disebut melarang para santri di pesantren mereka untuk menghormat bendera.

Larangan menghormat pada bendera tersebut muncul karena perbuatan itu dianggap mencerminkan kesyirikan.

Mereka juga sempat melarikan diri ke Malaysia.

Di Malaysia, Abu Bakar Baasyir disebut-sebut membentuk gerakan Islam radikal.

Gerakan itu disebut bernama Jamaah Islamiyah (JI) yang disebut ada hubungan dengan Al Qaeda, organisasi yang dicap sebagai jaringan terorisme internasional.

Setelah kembali ke Indonesia, Abu Bakar Baasyir disebut terlibat dengan Majelis Mujahidin Indonesia (MMI).

MMI diketahui sebagai organisasi Islam bergaris keras yang ingin mewujudkan Syariat Islam di Indonesia.

Kemudian, ia pun kembali tersangkut kasus hukum.

Namanya bahkan menyita perhatian publik di dunia internasional.

Majalah TIME bahkan sempat memberitakan Abu Bakar Baasyir.

Di majalah tersebut, ia disebut-sebut sebagai otak dari perencanaan pengeboman Masjid Istiqlal.