Meski diberhentikan di tengah jalan, karirnya tetap benderang setelah Megawati dilantik menjadi Presiden pada tahun 2001.
Prakosa kemudian diangkat Megawati Soekarnoputri menjadi Menteri Kehutanan.
Ia menjadi menteri kehutanan di era Megawati dengan masa bakti 2001 hingga 2004.
Baca juga: Profil Muhammad Prakosa, Dubes RI Untuk Italia yang Meninggal Hari Ini, Kakak Kelas Jokowi di UGM
Setelah itu, ia pun berkarir di dunia politik dan menduduki jabatan Ketua DPP PDIP (2006–2015).
Ia terpilih menjadi Anggota DPR RI dari Dapil IX Jawa Tengah selama tiga kali berturut-turut mulai dari Pemilu 2009, 2014, dan 2019.
Nama Muhammad Prakosa sempat mencuat ketika dirinya duduk menjadi anggota MKD DPR RI ketika kasus Papa Minta Saham Setya Novanto mencuat.
Muhammad Prakosa saat itu memutus Setya Novanto dengan kesimpulan ada dugaan pelanggaran berat.
Putusan itu berbeda dengan putusan dua anggota MKD lain, Junimart Girsang dan Riska Mariskan yang memutus Setya Novanto dengan sanksi sedang.
Hingga akhirnya pada 17 November 2021, Muhammad Prakosa dilantik Presiden Jokowi menjadi Dubes RI untuk Italia.
(Tribunnews.com/Milani Resti/Adi Suhendi)