Pada 2005, Rafael Alun resmi diangkat sebagai Penyidik Pegawai Negeri Sipil (PPNS).
Kewenangannya termasuk melakukan penelitian dan pemeriksaan atas temuan perpajakan dari wajib pajak yang tidak sesuai dengan ketentuan.
Pada tahun 2011, Rafael Alun diangkat dalam jabatan selaku Kepala Bidang Pemeriksaan, Penyidikan dan Penagihan Pajak pada Kantor Wilayah Dirjen Pajak Jawa Timur I.
Dengan jabatannya itu, Rafael Alun diduga menerima gratifikasi dari beberapa wajib pajak dengan disertai pengondisian berbagai temuan pemeriksaan perpajakannya.
Diduga, Rafael Alun menerima gratifikasi dari wajib pajak. Nilainya hingga 90 ribu dolar Amerika Serikat atau sekira Rp1.347.804.000.
Dalam penyidikannya, KPK turut menemukan safe deposit box yang diduga milik Rafael Alun. Di dalamnya, terdapat uang Rp32,2 miliar.
Sumber uang tersebut masih didalami oleh penyidik.
Sementara terkait pencucian uang, KPK belum membeberkan lebih detail.
Termasuk dengan nilai uang hasil korupsi yang dicuci untuk disamarkan menjadi sejumlah aset.