Sri Wahyumi Maria Manalip juga dikenal sebagai sosok yang kontroversi dan kerap 'bermasalah.'
Pertama, pada 2015, Gubernur Sulawesi Utara saat itu, Sinyo Harry Sarundajang pernah memberi teguran kepada Sri Wahyumi.
Teguran diberikan karena sebagai Bupati, Sri Wahyumi Maria Manalip menjalankan APBD yang tidak sesuai dengan yang dikonsultasikan ke Tim TAPD Pemprov Sulut.
Kedua, Sri Wahyumi pernah diberhentikan oleh Menteri Dalam Negeri saat itu, Tjahjo Kumolo karena melakukan perjalanan ke Amerika Serikat tanpa izin.
Saat itu, Sri Wahyumi mengikuti International Visitor Leadership Program (IVLP) di AS selama tiga minggu dan pulang 13 November 2017.
Sri Wahyumi beralasan tidak minta izin karena waktu yang mepet, menggunakan paspor hijau, dan dana sendiri.
Atas tindakannya, Sri Wahyumi diberhentikan selama tiga bulan pada 2018.
Masalah ketiga adalah mutasi PNS besar-besaran yang dilakukan Sri Wahyumi setelah kalah pada Pilkada Talaud 2018.
Saat itu, Sri Wahyumi Maria Manalip me-nonjob-kan lebih dari 300 ASN eselon II, III dan IV.
Padahal, undang-undang melarang kepala daerah melakukan mutasi selepas pilkada.
Akibatnya, Sri Wahyumi kembali berseteru dengan Kementerian Dalam Negeri (Kemendagri).
Ulah kontroversial yang dilakukan Sri Wahyumi lainnya adalah meninggalkan daerah setelah kalah dalam Pilkada Talaud 2018 selama 11 hari.
4. Kena OTT KPK
Kemudian pada April 2019, Sri Wahyumi Maria Manalip terciduk operasi tangkap tangan (OTT) KPK.